14 мая 1919 г. В. И. Ленин телеграфно потребовал от Петроградского комитета обороны: дать исчерпывающий ответ: по каким соображениям было решено эвакуировать некоторые заводы Петрограда и окрестности, кем и почему дано было распоряжение о потоплении судов, общее число мобилизованных рабочие и оставшихся на заводах, используются ли действительно на нужды обороны все мобилизованные, чем вызвано назначение Комиссаров по государственным заводам, производился ли огульный призыв граждан или с соблюдением постановления центральной власти. Возглавляемый Лениным Совет Труда и Обороны отменил общую эвакуацию Петрограда и решил поставить оборону Петрограда под непосредственный контроль Совета Труда и Обороны.
Спустя три дня, 17 мая 1919, Ленин направил Сталина в Петроград для руководства его обороной. Вместе со Сталиным в Петроград были направлены ответственные работники ВЧК. Там были учреждены должности начальника внутренней обороны Петрограда и начальника тыла Межозерного района 7-й армии. Одновременно была значительно усилена охрана границы и линии фронта, чтобы затруднить сношение шпионов с противником. Эти мероприятия были прямо направлены на выполнение решения Совета Обороны, который еще 13 мая 1919, постановил поручить ВЧК принять меры по установлению особо строгого контроля при въезде в Россию беженцев из союзной англичанам Финляндии и Мурманского края, который на тот момент был оккупирован английскими войсками.
Энергичные действия Сталина стабилизировали обстановку. И, тогда для поддержки наступления на Петроград английская агентура в городе, в штабах 7-й армии и Балтийского флота, возглавляемая Полом Дюксом, организовала 12 июня 1919, мятеж на фортах береговой обороны "Красная Горка" и "Серая Лошадь".