ЦК левых эсеров и нарком юстиции Штейнберг сделали попытку послать для работы в ВЧК членов своей партии, но Ф. Э. Дзержинский отказался их принять. Тогда 7 января 1918 г. левые эсеры поставили этот вопрос на заседании Совета Народных Комиссаров, настаивая на предоставлении партии левых эсеров права непосредственно вводить в ВЧК своих представителей. Дзержинский выступил категорически против предложений Штейнберга, которые вели по существу к бесконтрольному включению в состав Всероссийской Чрезвычайной комиссии лиц, назначенных только ЦК левых эсеров.
По данному вопросу Дзержинский полагал, что состав ВЧК должен обязательно и непосредственно утверждаться Советом Народных Комиссаров. После длительного обсуждения Совнарком принял следующее решение: "Признать желательным преобразование Комиссии в том смысле, чтобы назначить товарищем председателя Чрезвычайной Комиссии и членов от фракции левых с-р Центрального Исполнительного Комитета. Утверждать кандидатов в члены Чрезвычайной комиссии Советом Народных Комиссаров".
В связи с этим, первоначально из числа левых эсеров в Коллегию ВЧК вошли только левые эсеры Александрович и Закс, но уже к июлю 1918, из 20 членов Коллегии ВЧК 7 представляли партию левых эсеров. Это положение было абсурдно прежде всего тем, что в марте 1918 года левые эсеры в знак протеста против заключения большевистским руководством РСФСР Бресткого мирного договора с Германией, покинули свои посты в тогдашнем правительстве — Совете Народных Комиссаров, но при этом из ВЧК не ушли, что привело в дальнейшем к попытке государственного со стороны левых эсеров с использованием части сил ВЧК, с целью отстранения большевиков от власти.
Несколько месяцев с момента своего создания, а именно с 20 декабря 1917 и до 12 март 1917 года, ВЧК не смотря на свой формально всероссийский характер деятельности, реально вела свою оперативно-розыскную работу только в Петрограде и Москве.
Расширение борьбы с контрреволюцией потребовало учреждения Чрезвычайных комиссий и на местах. В связи с этим спустя две с половиной недели после своего создания 15 (28) декабря 1917, ВЧК опубликовала обращение "Ко всем Советам на местах", призывавшее местные Советы немедленно приступить к организации чрезвычайных комиссий.
Однако организация местных ЧК проходила очень медленно, поскольку функции местных ЧК брали на себя местные Советы, создавая в своём составе различные отделы, комитеты и комиссии, придавая им в помощь отряды красногвардейцев. Однако эти органы не имели ни единой системы, ни централизованного руководства. Это в значительной мере осложняло деятельность Всероссийской Чрезвычайной комиссии.
В результате ВЧК начало самостоятельно создавать свои территориальные органы на местах, только после переноса столицы из Петрограда в Москву, то есть где-то с середины марта 1918 года. Причём опять пришлось бороться с местными Советами, поскольку они начали создавать местные ЧК, порой даже на уровне волостей. ("Особое задание"… — с.28).
Для справки: Волость в царской России и до середины двадцатых годов в СССР, являлась низшей административной единицей в составе уезда и состояла из нескольких сёл и деревень с общей численность населения в несколько тысяч человек. Наибольшее расстояние отдалённых селений волости от волостного центра управления в среднем не должно было превышать 12 вёрст).
В результате напряжённой деятельности руководства ВЧК, к осени 1918 года, на контролируемых большевиками территориях кроме сети местных ЧК (40 губернских и 365 уездных ЧК), была так же создана разветвлённая структура транспортных, пограничных, фронтовых и армейские ЧК. Позже фронтовые и армейские ЧК, были преобразованы в Особые отделы фронтов, армий и дивизий и подчинены Особому Отделу ВЧК. Так же Особому отделу ВЧК стали подчиняться и пограничные ЧК.
После того как начиная с марта 1918 года ВЧК приступила к создания местных ЧК, жёстко управляемых из центра, начала быстро расти численность её центрального аппарата. Если к началу марта 1918 года численность центрального аппарата ВЧК составляла 40 человек, то к июлю 1918 увеличилась до 120 человек. (журнал "Пролетарская революция" — 1926 — № 9 — с. 90).
Впрочем, это резкое увеличение численности центрального аппарата ВЧК после её переезда в Москву, объяснялось ещё и тем, что после его прибытия в Москву на центральный аппарат ВЧК начал помимо прежних функций было возложено выполнение обязанностей Московской городской ЧК.
В ходе разворачивающейся гражданской войны в России, постановлением Совета Труда и Обороны РСФСР от 17 сентября 1920, подписанным В. И. Лениным, сотрудники ВЧК были приравнены к военнослужащим Красно Армии принимающим участие в боевых действиях.
Это постановление заложило традицию резкого отличия, как ВЧК, так и последующих органов государственной безопасности СССР, от европейских и североамериканских политических специальных служб, в которых сотрудники до сих пор являются гражданскими государственными служащими и не имеют специальной униформы и знаков различия.