В предпоследнем пятом номере "Еженедельника" было помещено извещение о созываемой 15 ноября 1918, "Всероссийской конференции Чрезвычайных комиссий", а в следующем шестом выпуске, в силу ряда причин ставшем последним — отчет о "Конференции Чрезвычайных комиссий Северной коммун" в Петрограде, с публикацией докладов членов коллегии ВЧК Г. И. Бокия и Г. И. Мороза, выступления Г. И. Зиновьева, а так же резолюцией этой конференции.
Причиной же закрытия журнала "Еженедельник Чрезвычайных комиссий по борьбе с контрреволюций и спекуляцией", стала публикация в его четвертом номере письма председателя ЧК города Нолинска Вятской губернии Андрея Матвеевича Монахова — Мануйло под заголовком "Почему вы миндальничаете?", в котором он требовал максимальное ужесточение репрессий.
Факт публикации этого письма, был рассмотрен в 25 октября 1918, на совещании в ЦК ВКП (б), по итогам которого было принято следующее решение: "В № 3 "Вестника чрезвычайных комиссий" была напечатана статья за подписью Нолинского исполнительного комитета и партийного комитета, восхваляющего пытки, при этом редакция в примечании не указала на свое отрицательное отношение к статье нолинцев.
Решено осудить нолинцев за их статью и редакцию за ее напечатание. "Вестник ЧК" должен прекратить свое существование. Назначить политическую ревизию ВЧК комиссией от ЦК в составе Каменева, Сталина, Курского. Поручить комиссии обследовать деятельность чрезвычайных комиссий, не ослабляя их борьбы с контрреволюцией".
Чуть позже Совет Народных Комисаров РСФСР, то есть по сути В. И. Ленин, как его председатель принял решение о прекращении дальнейшего издания этого печатного органа ВЧК.
В 2004 году в Москве был издан сборник материалов всех номеров журнала "Еженедельник Чрезвычайных комиссий по борьбе с контрреволюций и спекуляцией", под названием "ВЧК уполномочена сообщить…" — М.: "Кучково поле", 2004.
После прекращения издания журнала "Еженедельник Чрезвычайных комиссий по борьбе с контрреволюций и спекуляцией" в самом конце октября 1918 года, и последующем закрытии периодических изданий губернских ЧК, типа: "Красный террор" (Еженедельник Чрезвычайной Комиссии по борьбе с контрреволюцией на Чехословацком фронте. Казань) и газеты "Красный Меч" ("Орган Политотдела Особого Корпуса войск Всеукраинской ЧК"). "Бюллетень Пермской окружной комиссии по борьбе с контрреволюцией и спекуляцией", "Бюллетень Царицынской ЧК", к сожалению ни ВЧК, ни последующие органы государственной безопасности СССР вплоть до распада Советского Союза в 1991 году, не имели периодических печатных изданий.
Но при этом нужно отметить, что после ликвидации журнала "Еженедельник Чрезвычайных комиссий по борьбе с контрреволюцией и спекуляцией", деятельность ВЧК в ходе гражданской войны продолжали освещать журналы "Власть Советов" и "Вестник НКВД".
Так же можно отметить как источник по тогдашней истории ВЧК, большевистскую партийную и советскую периодическую печать, прежде всего газету "Правда" и газету "Известия ВЦИК" (в дальнейшем просто "Известия").
К концу Гражданской войны на территории России, в 1922 году, появились написанные в эмиграции мемуары бывшего начальника Петроградского охранного отделения в 1915–1917 годах жандармского генерал-майора К. И. Глобачёва "Правда о русской революции: воспоминания бывшего начальника Петроградского охранного отделения", которые в 2009 году были опубликованы в Москве в издательстве "Российская политическая энциклопедия (РОССПЭН)". В этих мемуарах содержится немало информации о создании ВЧК и формах и методах её деятельности в период Гражданской войны.
Следующим источником по истории ВЧК написанным к концу Гражданской войны стала "Красная книга ВЧК". Этот сборник документов был издан ВЧК в Москве, в двух томах в 1920–1922 годах. Первый том этого сборника, вышел под редакцией П. Н. Макинциана, второй — под редакцией М. Я. Лациса. В "Красной книге ВЧК", впервые были обнародованы многочисленные документы о наиболее крупных контрреволюционных организациях и заговорах, раскрытых Чрезвычайной комиссией в 1918–1920 годах. В основу публикации легли материалы уголовно-следственных дел — антисоветские воззвания, шпионские донесения, письма и другие документы, изъятые у заговорщиков, протоколы допросов арестованных, показания свидетелей на следствий, постановления коллегии ВЧК и приговоры Верховного и местных ревтрибуналов. Каждый том книги снабжен предисловием и, кроме того, включает в себя очерки, дающие общую характеристику истории возникновения и деятельности контрреволюционных организаций.
В основу содержания "Красной книга ВЧК", легли материалы уголовно-следственных дел — антисоветские воззвания, шпионские донесения, письма и другие документы, изъятые у заговорщиков, протоколы допросов арестованных, показания свидетелей в ходе следствий, постановления коллегии ВЧК и приговоры Верховного и местных ревтрибуналов.