Столкновение католиков и протестантов вылилось в так называемые гугенотские войны, развернувшиеся во второй половине XVI в. Вокруг королевского двора группировались люди, которых современники называли партией «политиков». Чиновничество, часть городов и дворянства севера страны поддерживали их. «Политики», оставаясь католиками, стремились к примирению с гугенотами и главную цель видели в единстве страны. Королева Екатерина Медичи (1519—1589), фактически правившая Францией в царствование ее сыновей Карла IX (1560—1574) и Генриха III (1574—1589) боялась усиления любой из партий. Незначительное столкновение, происшедшее в 1562 г., послужило толчком к вооруженной борьбе. Гугенотов поддерживала Англия, Гизы искали помощи у Филиппа II Испанского. Королевская партия, «политики», выдвинули лозунг: «Единый король, единый закон, единая вера», т.е. вопрос стоял уже не об истинности веры, а о ее единстве в целях единства государства. Религиозные войны постоянно перемежались перемириями и соглашениями. Их пиком стали события 1572 г. Одно из соглашений католиков с гугенотами должен был скрепить брак
Бойня не остановила, а подхлестнула гражданскую войну. На юге полыхало восстание гугенотов. Не надеясь более на утверждение своей религии по всей стране, они создали нечто вроде государства в государстве, мощную политическую и военную организацию. Ее возглавил бежавший из Парижа и снова вернувшийся к протестантству Генрих Наваррский, человек умный и по убеждениям бывший куда ближе к «политикам», нежели к своим фанатичным братьям по вере.
После смерти Карла IX в правление бездетного Генриха III возникла опасность того, что после его смерти трон перейдет к ближайшему родственнику — Генриху Бурбону. Лидер католиков Генрих Гиз создал в 1576 г. в противовес организации гугенотов Католическую лигу, массовое движение с военной дисциплиной.
Напуганный ростом влияния Католической лиги Генрих III объявил главой Лиги самого себя, но парижане не доверяли ему. Король приказал стянуть в Париж войска. В ответ 12 и 13 мая 1588 г. столица покрылась баррикадами («День баррикад»). Король бежал из Парижа в Блуа, вызвал туда герцога Гиза и приказал убить его. Это вылилось во всеобщее возмущение католиков. Лига стала центром антикоролевского движения. Генрих III не только примирился с Генрихом Наваррским, но и бежал со своим окружением к нему в лагерь. Там он был убит в 1589 г. фанатиком-католиком. Генрих Бурбон стал по праву наследования королем Франции Генрихом IV (1589—1610). Союз Лиги с Филиппом II, введение в Париж испанского гарнизона возмутили национальное чувство французов. Со своей стороны, Генрих IV понял, что страна не примет короля-протестанта и в 1593 г. вторично перешел в католичество, сказав: «Париж стоит мессы» (месса, т.е. обедня, была отличительным признаком католичества). Действительно, в 1594 г. столица открыла ему ворота.