Трухзес во главе войск Швабского союза прибыл во Франконию в момент, когда Гиплер и его сторонники готовились созвать съезд крестьянских делегатов для обсуждения проекта «Гейльброннской программы». Само собой разумеется, что двойственная тактика бюргерских руководителей и командование Геца фон Берлихингена могли привести крестьян только к поражению. Действуя теми же методами переговоров, перемирия и вероломных нападений, Трухзес, использовавший к тому же предательскую тактику ряда городских магистратов, смог и здесь расстроить ряды крестьянского войска и подавить их сопротивление.
12 мая 1525 г . во время перемирия войска Швабского союза внезапно напали на крестьянские соединения в районе между рекой Неккер и городом Бёблингеном. Несмотря на мужественное сопротивление крестьяне были разбиты и обращены в бегство. Поражение под Бёблингеном получило решающее значение для судеб восставших во всей Южной Франконии. Многие революционные предводители вынуждены были бежать, а взятого в плен Якова Рорбаха подвергнули жестокой казни – сожжению на медленном огне. Дольше сопротивлялся Флориан Гейер, продолжавший сражаться во главе собранных им остатков «Черного отряда» в восточной части долины Верхнего Неккара. В бою у Халля и Гайльдорфа он был убит 9 июня 1525 г . Радикальные элементы бюргерства, призывавшие к поддержке крестьян, в крупных городах были немногочисленны. Магистраты Вюрцбурга и других франконских городов открывали ворота войскам Трухзеса, которые убивали всех находившихся внутри городских стен крестьян.
КРЕСТЬЯНСКИЕ ВОЙНЫ В СРЕДНЕЙ ГЕРМАНИИ
Одновременно с описанными событиями в Южной Франконии и Оденвальде крестьянское и плебейское движение развернулось с большей силой в землях Средней Германии – в Северной Франконии и в Саксонско-Тюрингенском районе. Основными центрами в Северной Франконии были монастыри Бильдхаузен и Аура, занятые крестьянами 9 апреля 1525 г . Расположившимся вокруг этих монастырей мощным крестьянским лагерям, установившим во всем районе свое господство, формально подчинились многие города и рыцарские замки. В Тюрингии центром движения был город Мюльхаузен, в котором с середины февраля 1525 г . находился вернувшийся из земель Верхнего Рейна Томас Мюнцер. Вскоре после прибытия Мюнцера революционными действиями плебса и части бюргеров старый магистрат Мюльхаузена был свергнут, а образовавшийся новый «Вечный совет» города фактически находился под влиянием Мюнцера и его близких сторонников.
Движение охватило другие города и сельские местности Тюрингии, а также соседних герцогств и графств. Вооруженные отряды восставших занимали города, замки, монастыри и господские имения, производили разделы имущества феодалов среди крестьян и горожан, объявляя свои действия началом общего социального переворота, установления общего равенства людей во всей стране и за ее пределами. Борьба за конкретные повседневные нужды объединялась в пропаганде Мюнцера с борьбой за великую цель, к которой должны быть привлечены все силы движения.
Большое значение Мюнцер придавал революционному подъему, нараставшему в горных районах не только Саксонии и Тюрингии, но и в соседних с Саксонией районах Чехии. Об объединении назревавшего в Германии революционного взрыва с движением в Чехии, где еще живы были революционные традиции таборитов, Мюнцер мечтал еще в 1521 г ., когда он, направляясь в Прагу, посетил горные районы Северо-Западной Чехии, в том числе и прославившийся тогда новый горный город Яхимов. Особенностью народного движения в горных районах как Чехии, так и соседних германских земель была его направленность против режима на промыслах, обеспечивавшего установившим его герцогам и графам значительную часть богатой добычи серебра и меди, но препятствовавшего свободному развитию этой переживавшей тогда эру бурного расцвета отрасли промышленности.
Во второй половине апреля 1525 г . Мюнцер считал, что объединение усилившегося антикняжеского движения в горных районах Саксонии и Северо-Западной Чехии с Крестьянской войной во Франконии и Тюрингии имело бы решающее значение в общей борьбе за устранение тиранов и угнетателей народа. В своем обращении к тюрингскому городу Альштедту Мюнцер призвал присоединиться к общему восстанию «деревни и города и особенно горнорабочих и других добрых друзей», т. е. другие слои горного населения, также заинтересованные в устранении княжеского режима. На такой широкой основе Мюнцер хотел создать в Тюрингии революционный центр для всей Крестьянской войны.
По призыву Мюнцера все его сторонники собрались у Франкенхаузена в Тюрингии и образовали здесь военный лагерь. Туда же из Мюльхаузена во главе вооруженного отряда прибыл и сам Мюнцер. Ближайшей задачей концентрировавшихся у Франкенхаузена восставших было объединение (по плану Мюнцера) с сильнейшими отрядами франконских крестьян до прихода войск Трухзеса в Среднюю Германию, для того чтобы отбросить Трухзеса, разбить его войска, а затем слиться с остатками разгромленных сил крестьян в Южной Германии.