Лаос и Западный Берлин стали очередными этапами большой стратегии Кеннеди, в ходе которых вырабатывалась тактика «гибкого реагирования». В специальном послании конгрессу 25 мая 1961 г. Кеннеди объявил «великим полем битвы за защиту и распространение свободы в наши дни… Азию, Латинскую Америку, Африку и Ближний и Средний Восток, земли поднимающихся народов». В этом послании была изложена также программа мер на случай атомного нападения на США, содержащая призыв к американцам строить убежища, способные защитить их от радиоактивного излучения. В течение целого года американцы оборудовали убежища в многоэтажных домах и небольших коттеджах, в административных зданиях, больницах и школах, запасались водой и консервами. По свидетельству журнала «Тайм», к августу 1961 г. 12 млн американских семей были готовы к самому худшему.
В июне 1961 г. в Вене состоялась встреча между советским руководителем Н. С. Хрущевым и президентом США, в ходе которой обсуждались вопросы разоружения, ситуация в Лаосе и статус Берлина. Согласно документальным источникам и воспоминаниям участников ее подготовки, советская сторона решила проверить реакцию молодого американского президента на оказываемое на него давление. Хрущев в ультимативной форме поставил вопрос об изменении статуса Берлина, так как, с точки зрения советского лидера, ситуация оставалась «нетерпимой», хотя с момента окончания Второй мировой войны прошло 16 лет. Хрущев заявил, что после подписания мирного договора с ГДР права США в Западном Берлине будут пересмотрены, и напомнил, что и Соединенные Штаты подписали в свое время сепаратный мирный договор с Японией. Кеннеди заявил в ответ, что Берлин представляет жизненный интерес для США и, если они позволят себе быть изгнанными оттуда, все их обязательства и обещания превратятся в «пустые бумажки». Как подчеркнул американский президент, уход США из Берлина будет означать уход из Западной Европы. В неофициальной личной беседе с Хрущевым Кеннеди сказал, что в интересах советско-американских отношений не следовало бы ставить Соединенные Штаты перед лицом кризиса, в котором затрагивались бы их столь серьезные жизненные интересы.
Венская встреча завершилась безрезультатно — попытка вести переговоры «с позиции силы» не удалась ни той ни другой стороне. Оба лидера возвратились в свои столицы, не питая надежд на возможность договориться о чем-либо существенном в обозримом будущем.
25 июля 1961 г. президент США выступил по радио и телевидению, заявив, что подписание Советским Союзом мирного договора с ГДР грозит возникновением новой войны. Это заявление Кеннеди было расценено советским руководством как ультиматум, и Хрущев заявил 7 августа 1961 г., что СССР вызов президента США принимает и мирный договор все-таки подпишет. «Но если США начнут против нас войну, — добавил он, — то, видимо, Кеннеди будет последним американским президентом». Коммюнике стран — участниц Варшавского договора, опубликованное 13 августа 1961 г., призвало правительство ГДР принять необходимые «временные меры» с целью «защиты и контроля» границы между Западным и Восточным Берлином, чтобы пресечь антисоветский шпионаж. Сооружение Берлинской стены положило начало новому этапу конфронтации, известному как «кризис Берлинской стены». Ответом США на сооружение стены стало увеличение численности американских вооруженных сил в Западном Берлине с 5 до 6,5 тыс. человек. СССР соответственно увеличил численность своих вооруженных сил в ГДР. 10 октября 1962 г. конгресс принял резолюцию, в которой подтверждались права западных держав на оккупационные зоны в Берлине и подчеркивалось, что Соединенные Штаты полны решимости предотвратить «любыми средствами, включая применение оружия, любое нарушение этих прав непосредственно Советским Союзом или с привлечением других государств».
Конгресс выделил дополнительные ассигнования на военные нужды, а решением президента на активную военную службу были призваны резервные части и Национальная гвардия США. Мир оказался на пороге третьей мировой войны, но ни одна из конфликтующих сторон не была заинтересована в ней. Кеннеди мягко «спустил на тормозах», молча согласившись с существованием Берлинской стены, хотя в официальных заявлениях американского руководства ее осуждение никогда не прекращалось. Вопрос о заключении договора между Советским Союзом и ГДР, в котором мог быть пересмотрен статус Западного Берлина, был временно снят с повестки дня советским руководством, что также способствовало некоторому ослаблению напряженности в Европе.