Поражение на этом совещании не остановило Герасимова – он отправился к министру внутренних дел Дурново. Здесь его также ждала неудача: выслушав Герасимова и ознакомившись с протоколами совещания, Дурново присоединился к мнению большинства. В этот последний момент, по рассказам Герасимова, в дело вмешался министр юстиции Акимов, который присутствовал при докладе. Услышав решение Дурново, Акимов вышел из состояния пассивного наблюдателя и заявил, что со своей стороны он целиком присоединяется к мнению Герасимова: «Положение действительно таково, что медлить нельзя: или мы их, или они нас». И так как Дурново все ещё колебался, Акимов заявил, что в таком случае он берет ответственность на себя, и в качестве генерал-прокурора империи тут же на своём блокноте написал полномочие Герасимову на производство всех обысков и арестов, которые последнему кажутся необходимыми.
Как известно, аресты тогда прошли благополучно: в Петербурге совсем никакого взрыва не произошло, восстание в Москве и в провинции были подавлены сравнительно легко. Из докладов с мест вскоре стало ясным, что замедление с репрессиями значительно понизило бы шансы правительства в борьбе с революцией. После этого Дурново проникся большим уважением к полицейским талантам Герасимова и начал всячески его выдвигать, открыто называя гением политического розыска. В работе Герасимову приходилось считаться с инструктивными указаниями департамента, к руководителям которого Герасимов и тогда и после относился с презрением, не стесняясь называть их «высокопревосходительными господами с куриными мозгами». От этой зависимости Герасимова освободил Столыпин, быстро понявший, как важно иметь целиком на своей стороне начальника политической полиции в столице. Департамент был оттеснён на второй план. Ни о каком контроле с его стороны над Герасимовым не могло быть и речи. Герасимов делал все, что хотел, и диктовал свою волю департаменту. Вся центральная агентура, то есть все секретные сотрудники, имевшиеся в центральных организациях революционных партий, перешла в его руки. Обо всех своих действиях департамент должен был сноситься с Герасимовым. Руководители охранных отделений на местах предпочитали советоваться не с департаментом, а именно с Герасимовым, совместно с которым они затем решали, нужно ли о данном деле информировать департамент. Охранное отделение в Петербурге на время стало фактическим центром всего политического розыска в империи, и Столыпин был единственным, кому по существу подчинялся начальник этого отделения: Герасимов регулярно делал ему устные доклады обо всем, что представляло мало-мальский значительный интерес в области политического розыска, в наиболее острые периоды такие доклады им делались каждый день. Фактически, в течение этого времени – с лета 1906 года и до ухода Герасимова с поста начальника Петербургского охранного отделения в 1909 – именно Столыпин лично был верховным политическим попечителем розыска.
Основное, на чем сосредотачивал внимание Герасимов, была организация центральной внутренней агентуры в революционных партиях, без неё он считал работу безнадёжной.
Но официальная точка зрения, господствовавшая в Департаменте полиции, о пределах допустимого применения внутренней агентуры, по мнению Герасимова, по рукам и ногам связывала руководителей политического розыска. Согласно этой точке зрения идеалом считалось, когда агент не принимает непосредственного участия в деятельности революционных организаций и не входит в их состав, а в частном порядке получает нужные для полиции сведения от тех членов таких организаций, доверием которых он пользуется в силу своих хороших личных с ними отношений. Маложелательным, но допустимым считалось участие агента в организациях второстепенного значения, где они должны были играть подчинённую роль, в случае нужды исполняя поручения руководителей, но ни в коем случае не руководя сами деятельностью других. И уже совершенно недопустимым считалось участие агентов в центральных организациях, которые руководят деятельностью больших партий и союзов, инструктируют и направляют их работу, дают другим ответственные поручения и тд.