В связи с крестьянской войной Тайная экспедиция уделила значительное внимание выявлению родственников Пугачёва. В августе 1776 года киевским генерал-губернатором Байковым в Тайную экспедицию был прислан брат Емельяна донской казак Дементий Пугачёв. Во время розыска было установлено, что Дементий «с Пугачёвым ни малейшего в действиях его участия не имел и служил во время турецкой войны порядочно, с должною верностью». Тайная экспедиция приговорила освободить брата Пугачёва и отправить его в войско донское, но с тем, «чтобы его впредь в войске Пугачёвым не называть, а именовать Дементием Ивановым… Ему же, Иванову, за доброе его поведение и верную службу выдано в награждение сто рублей». Известно, что ЕЛугачева допрашивали несколько раз, сперва в Яицком городке, а затем в Москве. Однако наиболее исчерпывающим, с точки зрения Екатерины II, был допрос, сделанный фактическим главою Тайной экспедиции С.И.Шешковским.
В 1796 – 1797 годах, после смерти Екатерины, когда, как это часто бывает при переменах царствования, в крестьянстве снова пошли слухи об освобождении от крепостного права и началась полоса восстаний, Тайная экспедиция сыграла крупную роль в их подавлении. Восстания охватили губернии: Белорусскую, Владимирскую, Вологодскую, Воронежскую, Калужскую и многие другие. В течение почти двух лет экспедиция вела розыск по этим делам и заканчивала их вынесением жестоких приговоров, значительную часть которых приводила в исполнение в районах восстаний.
Одновременно с функцией подавления народных движений Тайная экспедиция, как в своей время Тайная канцелярия, ведала политическими преступлениями по «первым двум пунктам» указа 1731 года. Деятельность Тайной экспедиции в этой области началась сразу же после вступления Екатерины на престол.
В сентябре 1762 года в дни коронации новой императрицы, в Тайной экспедиции производился предварительный розыск по крупному политическому процессу – делу гвардейских офицеров, братьев Гурьевых, Петра Хрущёва и коллежского асессора Алексея Хрущёва, замышлявших путём дворцового переворота возвести на престол Ивана Антоновича. К вынесению приговора по этому делу Тайная экспедиция имела слабое отношение. Решение было вынесено Сенатом. Пётр Хрущёв и Семён Гурьев, после лишения чинов и публичного шельмования, бьии сосланы на Камчатку в Болыперецкий острог. В Якутск сослали Ивана и Петра Гурьевых. Алексею Хрущёву было предписано «жить в своих деревнях, не выезжая в столицы». В январе 1764 года императрица пересмотрела решение и предписала Алексея Хрущёва сослать в Тобольск. Из ссылки братья Гурьевы были освобождены только в 1772 году, то есть ровно через 10 лет после их ареста.
Если в 1762 году розыск по этому крупному политическому делу вёлся в Тайной экспедиции лишь частично, то в следующем 1763 году по аналогичному делу солдата Преображенского полка Михаила Кругликова всё розыскное дело от начала до конца велось в Тайной экспедиции. Кругликова обвиняли в распространении слухов о состоявшемся якобы собрании пятисот Преображенских солдат, «которые другую ночь не спят для Ульриха» – отца бывшего императора Ивана Антоновича принца брауншвейг-ского Ульриха-Антона. Во время розыска выяснилось, что слова Кругликова были чистым вымыслом. Несмотря на это, Екатерина встревожилась. В записке к Панину она указывала: «… при наказании оного служивого прикажите хотя Шешковскому, чтобы ещё у него спросили, где оные 500 человек собираются и видел ли Он их или слышал от кого?»
Крутикова приговорили к наказанию батогами и ссылке в сибирский гарнизон.
В 1769 году по доносу «майорши» вдовы Анны Постниковой, было открыто намерение офицеров Преображенского полка Озерова, Жилина, Попова и Афанасьева совершить государственный переворот и возвести на престол Павла Петровича. После предварительного следствия это дело было рассмотрено судом особой комиссии в составе генерал-полицмейстера Чечерина, Елагина, генерал-прокурора Вяземского во главе с Паниным. Обвиняемые были приговорены к лишению всех чинов, дворянства и звания, к ссылке в Нерчинск на вечную работу, на Камчатку и заключению в Дианементскую крепость.
Вся эта группа дел свидетельствует, что во второй половине XVIII века чиновники политического розыска не видели разницы между умыслом, т. е. намерением совершить преступление, и фактом его совершения. Обвиняемые только высказывали намерение, но в действительности решительно ничего не предприняли для организации переворота. Вся их антигосударственная деятельность практически свелась к одному: разговорам на эту тему в узком кругу. Действия участников всех этих «заговоров» не представляли опасности для правительства. Несмотря на это, им было придано большое значение.