Около того же времени приехавший в Россию капуцин Хризолог возбудил какие-то подозрения в Екатерине, и Ягужинский запиской объявляет Тайной канцелярии указ императрицы арестовать Хризолога со спутниками, учинить обыск и следствие над ними. Вся эта история, кажется, началась с доноса некоего архимандрита Афанасия, который обвинил католических монахов в желании тайно видеться с великим князем Петром Алексеевичем, будущим императором. Совершенно понятно, что подобного рода происшествие должно было взволновать Екатерину. Тайная канцелярия немедленно приступает к следованию, но лишь только выясняется, что ничего «важного» в деле нет, как Толстой тут же спешит под благовидным предлогом передать его в Синод архиепископу Феофилакту. Но Феофилакту и Синоду это, видимо, совсем не понравилось, и по докладу Феофилакта дело новым указом Екатерины было велено отослать обратно в Тайную канцелярию. Пришлось Толстому принять дело вновь. Выждав приличествующее время, Тайная канцелярия (вернее, Толстой) опять определила отправить дело в Синод, но тот вскоре возвратил его. Тогда Тайная канцелярия (вероятно, это был единственный способ покончить с надоедливым делом) сделала определение о высылке капуцинов «за рубеж немедленно» и тем самым поставила точку. Из всего этого можно заключить, что, даже имея прямой указ императрицы, Толстой настойчиво искал благовидный предлог, чтобы не заниматься мелким, по его мнению, делом.
Правда, у нас есть одно дело, которое Тайная канцелярия приняла по указу Сената в марте 1725 года без всяких препирательств и «следовала» с большим усердием. Это «важное дело» по поводу непристойных слов, сказанных неким Выморковым. Он называл Петра антихристом и в письме, у него найденном, с бранью его проклинал. Дело запутывалось многочисленными оговорами Выморкова, которые приводили к бесчисленным допросам, очным ставкам и пыткам.
Остается не совсем ясным, что побудило Толстого в данном случае столь ревностно взяться за «следование»; начато дело было не по прямому указу императрицы, а по указу Сената, с которым можно было бы при желании поспорить; на худой конец можно было попытаться передать дело куда-нибудь в другое место, как это было при расследовании дела капуцинов. Но нет: Тайная канцелярия без каких-либо оговорок тщательно занималась Выморковым. В результате из дела была сделана «выписка» и представлена Ушаковым императрице для постановления приговора. К сожалению, причины столь исключительного отношения к этому делу неясны.
Общее число дел, поступивших в Тайную канцелярию, в царствование императрицы Екатерины I ничтожно — их не более четырех. Важно отметить, что они попадали сюда не обычным порядком, по указу 1722 года, а каждое особенным путем — словно опять исчезли те зачатки организации работы, которые начали определенно проглядывать в деятельности Тайной канцелярии к концу царствования Петра I; вновь поручение начало выступать на первый план взамен четко установленного порядка.
В общем делопроизводство Тайной канцелярии в царствование Екатерины в существе своем мало изменилось, но некоторые важные перемены все-таки произошли. Императрица сама не присутствовала никогда в Тайной канцелярии — теперь уже верховная власть не входила в дела этого учреждения так близко и непосредственно, как то делал Петр. Того личного контроля, который постоянно осуществлял Петр по отношению к деятельности министров, теперь не существовало, и, конечно, министры от этого почувствовали себя же полными хозяевами и вершителями дел в Тайной канцелярии. При Екатерине устанавливается порядок доклада ей дел посредством «экстрактов», иногда доклад делал лично один из министров; по-видимому, это был единственный способ взаимоотношения императрицы и Тайной канцелярии. До нас дошло несколько таких экстрактов; на одном из них мы имеем указ за подписью Толстого; очевидно, в этом случае Толстой экстракт докладывал лично.
Результаты докладов записывались в таком виде: «1725 году июля в 30 день Ее Величество… изволила слушать три экстракта, сочиненные в тайной розыскных дел канцелярии: 1) по делу ростриги Степана Выморкова… (подробности дела); 2) о письме неизвестному… (подробности дела); 3) по делу же Выморкова (подробности дела)… и из оных по первому Ее Императорское Величество указало учинить: Выморкова казнить; Антипу Щеглова, Захария Игнатьева по наказанью с выниманием ноздрей послать в вечную каторжную работу в Рогервик, Ивана Щеглова — в старцы и в крепкий монастырь; по второму пункту экстракт оставлен в Кабинете Ее Величества; по третьему — следовать». Под всем этим стоит подпись: «от гвардии майор Ушаков».