Вскоре после переезда гохмейстера тевтонов в город Кенигсберг произошла упоминавшаяся выше секуляризации прусских владений ордена последним верховным магистром Альбрехтом Гогенцоллерном в 1525 г. В результате секуляризации и уклонения бывшего гохмейстера Альбрехта Бранденбургского в лютеранскую ересь пост главы ордена Марии оказался вакантным. Руководство взял на себя дейчмейстер, или магистр Германии («магистр Тевтонии»), брат Вальтер фон Кронберг. Он перенес резиденцию ордена в город Мергентгейм (Мергентхайм) и принял титул «администратора (исполняющего обязанности) должности верховного магистра в Пруссии и магистра в германских и романских землях», а позднее – титул «гох-унд-дейчмейстер» (верховный и германский магистр).
XVI в. принес ордену новые ощутимые потери. Кроме утраты орденских земель в Пруссии, тевтонам пришлось уйти и из многих других провинций. В Чехии владения Тевтонского ордена были по большей части опустошены еще в ходе Гуситских войн XV в. и большинство членов ордена перебито (как и большинство членов ордена иоаннитов). Орденские владения тевтонов в Греции были завоеваны турками. В результате орден смог сохранить только свои владения на территории Священной Римской империи германской нации. В эпоху Реформации многие орденские владения попали под власть князей-протестантов. Некоторые рыцари и даже магистры ордена приняли новую веру, вскоре появилось уже немало членов ордена лютеранского и даже кальвинистского вероисповедания.
Принцип Аугсбургского вероисповедания «Чья власть, того и вера» не пощадил и Тевтонский орден. Однако вследствие сохранившегося высокого авторитета ордена как института многие переменившие веру братья-рыцари и братья-священники пожелали остаться членами ордена, не рассматривали свою новую веру как препятствие к этому. Сложилась уникальная в своей парадоксальности ситуация, когда под руководством католического верховного и германского магистра продолжали нести служение братья-рыцари и братья-священники (число братьев-сариантов к описываемому времени резко сократилось и сошло почти на нет) трех различных вероисповеданий (римско-католического, евангельски-лютеранского и кальвинистско-реформатского), одни из которых хранили, а другие, напротив, нарушали обет целомудрия, то есть безбрачия (сходные процессы происходили, кстати, и в среде рыцарей другого – иоаннитского – ордена на территории Священной Римской империи). В германских землях Саксонии, Тюрингии и Гессене члены ордена поголовно перешли в лютеранство, и тем не менее некоторые тамошние комтурии по-прежнему возглавлялись комтурами-католиками, по-прежнему назначаемыми верховным магистром. Эта фаза в истории ордена вошла в его анналы как эпоха троеверия или триконфессионализма).
Об орденских печатях мариан
В соответствии с уставом Тевтонского ордена братьям-рыцарям запрещались всякая личная переписка и использование личных (родовых) печатей. Однако должностные печати в ордене существовали. Они являлись символом полноты власти члена Тевтонского ордена, вступившего в должность. При получении подобной печати орденский рыцарь наделялся полномочиями в полном объеме, безо всяких ограничений. Если же комтур, фогт или иной орденский чиновник не получал соответствующей печати (как знака отличия его должности), это означало, что он был ограничен в своих правах должностного лица (например, не мог самочинно продавать или отдавать в залог орденскую собственность и т. п.).
Символика орденских печатей вообще не была связана с наиболее распространенным орденским символом (за исключением, пожалуй, печатей меченосцев).
Хотя вышеуказанный отличительный знак мариан – черный крест на белом плаще – был усвоен тевтонскими рыцарями практически сразу же после окончательного оформления их ордена, на печатях верховного магистра и орденского капитула (высшего Совета ордена) изображалась Богородица с Младенцем Иисусом, держащая в другой руке скипетр (иногда с навершием в виде лилии). Это изображение, вполне отражавшее полное название ордена как братства во имя Пресвятой Богородицы (Девы Марии), хотя и с незначительными изменениями, сохранилось до конца XV в. Одновременно с этой так называемой Большой орденской печатью с 30—40-х гг. XIV в. вошла в обиход так называемая Малая магистерская печать, именовавшаяся также «секретной печатью» (Secretsiegel), с изображением должностного герба тевтонского верховного магистра, представлявшего собой белый щит с прямым черным крестом и наложенным на этот черный крест более узким золотым крестом с утолщенными Т-образными концами, замененными в конце XV в. лилиями (впрочем, нередко геральдические лилии просто увенчивали собой Т-образные концы золотого креста). На пересечении перекладин креста был расположен щиток с черным одноглавым распластанным некоронованным орлом, смотрящим влево от зрителя – эмблема, указывающая на принадлежность гохмейстера Тевтонского ордена, «по должности», к числу князей Священной Римской империи германской нации.