Четыре года спустя канцлерское кресло оказалось свободным, «железный канцлер» Аденауэр наконец ушел со сцены. Его преемник Людвиг Эрхард считался несерьезным соперником и «случайным человеком на посту федерального канцлера». К тому же социал-демократы нашли авторитетных единомышленников среди интеллектуалов. Писатель Гюнтер Грасс неутомимо проповедовал вдоль и поперек по всей стране в поддержку социал-демократов. Другие интеллектуалы старались придать Плеск старым и унылым партийным лозунгам. Однако большинству социал-демократов новый лозунг «Поменять партию, но остаться верным жене» казался все еще слишком прогрессивным, так что в результате остались при своем таком же старинном, как и неоригинальном «надежность есть надежность». Союз поставил на уже испытанные клеветнические кампании. Над Рурской областью кружили самолеты с транспарантами, на которых можно было прочитать: «Где был Брандт в 1943 году? Он был надежно спрятан». Согласно опросам общественного мнения, выборы должны были закончиться почти «ничьей», кандидаты должны были прийти к финишу «ноздря в ноздрю». Тем более разочарованы были в СДПГ, когда появились первые результаты. Партии хоть и удалось набрать 39,3 % голосов, то есть на 3 % больше, чем на предыдущих выборах, но это едва ли имело какой-то смысл, учитывая триумф ХДС. Людвиг Эрхард был для избирателей послевоенного времени символом «экономического чуда» и набрал для своей партии 47,6 % голосов. «Я ведь вернулся в Германию с чистыми руками, с чистыми!» — вырвалось у Вилли Брандта в одном телевизионном интервью незадолго после объявления результатов выборов. Он был беспредельно разочарован. Как будто каждый крестик на избирательном бюллетене обозначал «мы тебя не хотим», он воспринял провал на выборах как свое самое главное поражение. Его кандидатуру отклонили избиратели. больше никогда он не выдвинет свою кандидатуру на пост федерального канцлера. Он скажет Бонну «Прощай!» и вернется в Берлин, и на этот раз навсегда.
14 месяцев спустя семья Брандт переехала назад в Бонн с вещами, двумя собаками и черепахой, а Вилли Брандт принял документ о своем назначении в кабинет министров Большой коалиции. Федеральный канцлер Георг Кизингер сформировал коалиционное правительство.
Брандт не был полностью доволен после создания Большой коалиции, по легко освободился от первоначальною скепсиса относительно «слоновьей свадьбы» между крупнейшими партиями: «В Конституции… нигде не написано, что оппозиция должна состоять больше чем из 200 депутатов и всегда должна быть представлена СДПГ», — так он обосновал свое решение. Брандт хотел возглавить Министерство образования, но коллеги передали ему в ведение Министерство иностранных дел, поскольку он имел связи за границей и пользовался большим моральным доверием иностранных партнеров ФРГ. Будучи космополитом, способным к изучению языков, Брандт нашел себя на международной арене. Он бегло говорил по-норвежски и по-английски, хорошо знал французский и мог объясниться по-испански и по-итальянски.
Канцлер Кизингер и его вице-канцлер Брандт представляли собой странный тандем. Союз бывшего члена НСДАП и эмигранта-антифашиста символизировал примирение немцев с собственной историей. Но отношения Брандта с Кизингером были непростыми. Практичного Брандта раздражали эстетские разговоры в кругу Кизингера. К тому же в той сфере деятельности, где он чувствовал себя как рыба в воде — во внешней политике — Брандта раздражала опека Кизингера. Канцлер не пропускал ни одного документа, не подвергнув его критике и не внеся изменения, жаловался Брандт. Личные отношения министра иностранных дел и канцлера тоже были сложными. «Серебряные уста», как называли Кизингера из-за его выдающихся ораторских способностей, основательно действовал Брандту на нервы. С другой стороны, Кизингер страдал от упрямства своего министра. Чем больше Брандт на что-нибудь сердился, тем жестче становился Кизингер и применял оружие, которое доводило других до отчаяния, он упорно молчал. Для Брандта годы Большой коалиции были очень большим напряжением. Он все чаще испытывал депрессии, меланхолию, привыкал к неумеренному потреблению алкоголя. В случаях, когда он сильно злоупотреблял спиртным, газеты писали, что у него грипп.
«Я не могу представить себе коалицию, в которой нашлось бы место для министра иностранных дел Брандта. Большая коалиция делает существование министра иностранных дел Брандта невозможным», — отчаявшись, говорил он в интервью в сентябре 1969 года. Личное и политическое недовольство правительством в 1966 году привнесло свою лепту в то, что в ночь выборов Брандт держался так уверенно. Таким Вилли Брандта вообще-то не знали, поскольку последние годы принесли ему славу человека вечно нерешительного и сомневающегося, но теперь он был полон решимости.