После этого Сатанаил успел подчинить себе весь род человеческий, так что немногие на земле из людей имели понятие о своем первоначальном назначении - заменить падших ангелов, и немногие достигали этого назначения. Доведенные до забвения своего предназначения, люди почитали самого Сатанаила за верховного бога. Моисей, бывший его орудием через закон, данный иудеям, особенно распространил такое представление о Сатанаиле. Долгое время он держал, таким образом, в порабощении весь род человеческий. Наконец, Высочайший Бог решился освободить человечество от власти Сатанаила. В 5500 году от сотворения Сатанаилом видимого мира Он произвел от Себя второго (младшего) сына, который и есть Иисус или Слово, и который, как глава и начальник ангелов, называется у богомилов еще Михаилом. Иисус явился в мир в эфирном теле, имевшем только вид человеческого тела, пройдя через Деву Марию незаметно, так что Она сама не знала, как нашла его младенцем, лежащим перед Нею в пещере. Вся жизнь Иисуса среди людей также была призрачная, хотя он действовал и учил так, как описано в Евангелиях. Сатанаил, считая его обыкновенным человеком, стремящимся поколебать его владычество над людьми, довел его до смерти, которая была, конечно, призрачной. Но Иисус через три дня явился Сатанаилу во всем своем божественном величии, оковал его цепями и отнял у него божественное достоинство и божественное имя, заключавшееся в конечном слоге его имени - ил или эл, после чего он стал называться просто сатана. Затем Иисус вознесся на небо, занял второе после Отца место и получил власть над всеми ангелами. Для продолжения и окончательного совершения его дела на земле, Отец произвел из Себя еще вторую силу, Святого Духа, Который и действует на души людей. Души богомилов, ощущающие в себе действие Св. Духа, принимающие Слово Божие и сообщающие его другим, есть истинные "богородицы". Люди с такими душами не умирают, но, отбросив телесную оболочку, как бы во сне, переселяются в царство небесного Отца. После того, как Дух Святой совершит дело освобождения людей от материи, и их души займут место в царстве небесного Отца, все придет в первоначальный вид. Материя, в том числе и человеческие тела, обратится в хаос, а Иисус и Дух Святой возвратятся в Отца, из Которого истекли.
Из теоретического учения богомилов вытекали их взгляды на Православную Церковь, ее верования и учреждения. Считая только себя просвещенными Св. Духом, они смотрели на Церковь, как на плотскую, на христиан, как на людей, в которых плотское начало берет перевес, и т. д. Таинства Церкви они отвергали. Крещение, напр., называли крещением водой; вместо него совершали свое крещение, которое называли духовным. Оно состояло в том, что на вступающего в их общину они полагали евангелие от Иоанна (апокрифическое), произносили над ним молитву "Отче Наш" и призывали Св. Духа. Таинство Евхаристии также отвергали в том убеждении, что истинное общение со Христом есть духовное. Отвергали, как плотское, почитание Пресвятой Богородицы, святых, их мощей, почитание креста Господня и икон - все отвергали. В жизни богомилы были строгими аскетами, - не вступали в брак, не употребляли мясной пищи и т. п. Источником своего учения они признавали все св. Писание Нового Завета, кроме Евангелия Иоанна, вместо которого у них было свое апокрифическое Иоанново евангелие, из Ветхого же Завета они принимали псалмы и пророков. Кроме того, у них были в широко распространены апокрифические сочинения. В устройстве своей общины богомилы хотели подражать апостольской Церкви, - у них было 12 апостолов, над которым возвышался еще главный начальник секты.