Анабаптисты (перекрещенцы) получили свое название от перекрещивания вступающих в их общество. Развивая учение о личном общении с Богом, они утверждали, что в каждом верующем живет и действует Дух Божий, освящающий его и руководящий всеми его мыслями, чувствами, желаниями и поступками. Себя они считали святыми, свое общество церковью святых, для вступления в которое требовалось новое крещение. Все церковные законы и учреждения они признавали ограничением свободы духа, действующего в них. Свое историческое существование анабаптисты ознаменовали стремлением разрушить все существующие государственные учреждения и порядки, как церковные, так и гражданские, и основать "церковь святых" на началах свободы, равенства, коммунистического общности имущества и тому подобное.
Анабаптисты появились впервые в германском городке Цвиккау около 1520 г. Здесь во главе их стоял Фома Мюнцер, являвшийся проповедником, Николай Шторх, простой фабрикант и Марк Штибнер, бывший студент Виттенбергского университета. За свои выступления с призывом к ниспровержению всех порядков жизни Мюнцер был изгнан из Цвиккау и отправился блуждать по Германии с теми же революционными целями. Оставшиеся в Цвиккау анабаптисты сумели поднять восстание против городских властей. Часть из них попали в тюрьмы, другие бежали. Шторх, Штибнер и другие "цвиккауские пророки" ушли в Виттенберг, думая найти сочувствие у тамошних реформаторов. Но в 1522 г. они были изгнаны и оттуда.
Мюнцеру же удалось поднять восстание крестьян против помещиков и властей. Он, признав себя церковным и гражданским реформатором, возглавил отряды восставших. Разбитый в сражении в 1535 г., он был казнен. После этого во всей Германии начались поголовные преследования анабаптистов. Католики и протестанты жгли и казнили их без всякой пощады. Но анабаптизм все же продолжал развиваться в Швейцарии и Нидерландах. В тридцатых годах он с новой силой заявил о себе в Германии.
В 1529 г. в вестфальском городе Мюнстере появились выходцы из Нидерландов анабаптисты Иоанн Матисен (булочник) и Иоанн Боккольд (портной) из Лейдена, названный Иоаннам Лейденским. Выдавая себя за пророков, они, проповедуя новую церковь, наступление тысячелетнего царства Христова, увлекли за собой чернь. Все, не принимавшие крещения, были изгнаны из города, и сектанты стали устраивать свое общество. Матисен был вскоре убит в вылазке против осаждавшего город епископа. Главным лицом стал Иоанн Лейденский. Он объявил себя мессией, надел корону, окружил себя двором. По ветхозаветному образцу им были назначены 12 старейшин и устроен порядок, при котором изуверство сочеталось с распутством. Анабаптисты пророчествовали, призывали к истреблению безбожников, поделили имущество, завели многоженство, проводили время в кутежах. Сам Иоанн Лейденский предоставил себе деспотическую власть над жизнью и имуществом своих подданных. В 1535 г. мюнстерский епископ взял, наконец, город. Иоанн со многими своими последователями был казнен. В Германии началось снова преследование анабаптистов, которые, спасаясь, рассеялись по всей Европе. Секта стала сокращаться.
Возобновил ее Симон Меннон, католический священник из Голландии, вступивший в 1536 г. в секту анабаптистов. Он ее преобразовал, введя в ее жизнь строго нравственные правила, установив дисциплину, вероучению придал определенность. Эти сектанты стали мирными, трудолюбивыми и нравственными. От прежнего анабаптизма у них осталось только отрицание крещения детей и представление о своей секте, как об обществе святых. Получив имя своего основателя и преобразователя, менониты считали для себя обязательным удаление от военной и гражданской службы, от судебных процессов, проводили жизнь, замкнутую в своем обществе. Что касается вероучения, то Меннон приблизил его к реформаторскому, придав только большее значение обрядности. Меннониты сосредоточивались главным образом в Голландии, где им давно была предоставлена свобода богослужений. Их общины были и в России.