Первый класс ордена, самый низший, составляли новиции, т. е. молодые люди, которых готовили к поступлению в орден в особых заведениях, новициатах. Они, большей частью, избирались иезуитами из числа способных и отличных воспитанников их же коллегий. Подготовка заключалась в развитии у них повиновения и преданности ордену. Каждый, готовый вступить в орден, должен был порвать все связи с миром, отречься от личной воли и убеждений и отдать себя всецело в распоряжение ордена, "так, как если бы он был трупом". Второй класс составляли схоластики. В него вступали те новиции, которые выдержали испытание. Они давали первые три обета - нищеты, целомудрия и послушания, и служили в качестве помощников, миссионеров и т. п. По мере того, как схоластики проявляли свои способности к тому или другому роду деятельности, они переходили в разряд духовных коадъюторов, составляли третий класс ордена, и назначались на должности учителей, профессоров, проповедников, духовников и проч. Кроме этих духовных лиц, у иезуитов были еще светские коадьюторы, служившие по хозяйственной части в учреждениях ордена. Четвертый класс составляли профессы, которые давали четвертый обет безусловного повиновения папе. В этот класс назначались из третьего класса только отличившиеся выдающимися способностями, знаниями, верностью и опытностью. Профессам поручали все важнейшие должности по ордену, разнообразные миссии и посольства. Во главе ордена стоял его генерал, избираемый пожизненно профессами из своей среды. Он пользовался неограниченной властью в управлении орденом, и все члены ордена были обязаны ему безусловным повиновением. Сам генерал, кроме папы, ни от кого не был зависим. Члены ордена и их учреждения, где бы они ни находились, не подчинялись никаким другим духовным властям.
Таким образом, орден во главе с генералом, пребывавшим в Риме, представлял собой особую церковь в церкви. Орден, по мере его распространения в разных странах, разделялся на провинции, во главе которых стояли назначенные генералом профессы, со званием провинциалов. В ордене от генерала до последнего слуги все было организовано в строжайшем порядке подчиненности низших членов высшим. Этот порядок поддерживался системой шпионства одних членов ордена за другими. Провинциалы в известные сроки доносили генералу о положении дел. Об их же действиях тайно доносили состоявшие при них ассистенты. Этот порядок царил и в учреждениях, подчиненных провинциалам. Генерал, имея все данные в своем распоряжении и никому не давая отчета, распоряжался всем и всеми. Он карал, миловал, назначал на должности и отрешал. Сам генерал тоже находился под надзором ордена. При нем неотступно находились четыре ассистента и один адмонитор (духовник) из профессов, которые также избирались профессами. Но ассистенты не вмешивались в его распоряжения и не стесняли его власти. Первоначальным предназначением их было только наблюдать, чтобы генералы не уклонялись от целей и задач ордена. В случае необходимости, они имели право созвать конгрегацию профессов для суда над ним (чего, однако, за все время существования ордена не было), но затем они сделались просто министрами всемогущего генерала ордена.
При такой своеобразной организации орден выработал для своей деятельности и своеобразные нравственные правила. Применив схоластический метод доказательств за и против, он создал положение, применительно к которому всякий порок и преступление можно было признать нравственно невменяемыми. Они создали теорию "оправдания", по которой всякое действие может быть совершено и не будет противно нравственным законам, если в его оправдание можно представить правдоподобное основание или мнение какого-нибудь авторитетного богослова. Там, где эта теория оказывалась неприменимой, выдвигалась другая - доказывалось, что допустимо совершение всякого безнравственного поступка (не как главной цели), а для достижения другой похвальной цели. Таким образом, у иезуитов получалось, что цель оправдывает средства. Иезуиты прибегали еще к т. н. "мысленной оговорке", на основании которой разрешалось давать ложные клятвы и обещания, при этом нужно было лишь в уме держать ограничение или отрицание клятвы или обещания.