Ученость, благочестие и ревность в вере Схолария обратили на него внимание всех греков. Поэтому он был единодушно избран патриархом после завоевания Константинополя турками. Пользуясь расположением Магомета II, Геннадий ревностно принялся за устройство дел патриархии. Храмы были развалены или разграблены, патриархия при Софийском соборе попала в руки турок, православный народ упал духом. Геннадию нужно было изыскивать средства, устраивать храмы, утешать и поддерживать народ. Но едва только он начал все это налаживать, как его постигли разные огорчения. Храм свв. Апостолов, где обосновалась патриархия, был отобран, и он перенес ее к храму Всеблаженной. Когда он начал искоренять старое зло - симонию, монахи и клирики выступили против него с происками и интригами. Доведенный всем этим до болезни, патр. Геннадий решился оставить престол. В 1459 г. он собрал собор, где дал отчет о своем управлении и сложил с себя сан, хотя архиереи, народ и даже султан удерживали его от этого. Он поселился в монастыре и умер в 1464 г. Греческая Церковь причислила этого достойного святителя к лику святых.
Максим (1476-83), прозванный за ученость Философом. Он отличался большой ученостью и замечательным даром проповедничества. Он был глубоко благочестивым пастырем, и в его правление Церковь наслаждалась спокойствием. Поэтому он все свои заботы обратил на нравственное просвещение народа и средством для этого избрал проповедь. Магомет II относился к нему с уважением и любил беседовать о христианской вере. По предложению султана, патр. Максим перевел на турецкий язык Символ веры и написал на него толкование. Греческая Церковь причислила его к лику святых.
Иеремия I(1520-44). Он отличался мудростью в управлении и заботливостью о благе Церкви, за что и пользовался величайшим уважением и любовью пасомых. Но и ему пришлось много претерпеть от происков дурных клириков и монахов. Им удалось, во время богомолья Иеремии в Иерусалиме, поставить на его место митр. Иоанникия. Патр. Иеремия созвал тогда в Иерусалиме собор с патриархами Иерусалимским, Антиохийским и Александрийским. Собор отлучил Иоанникия и его приверженцев. Народ в Константинополе встретил Иеремию как истинного пастыря и выхлопотал у султана Солимана I его восстановление. Когда визирь потребовал от него пескезий, он решил отказаться и только после усиленных просьб народа позволил внести за себя требуемую сумму. Он правил с ревностью и особенно заботился об устройстве и украшении храмов. Его трудами патриархия была приведена в благоустройство, и храмы спасены от разрушения, что намеревалось сделать турецкое правительство.
Иосаф II(1552-64), пастырь просвещенный и добродетельный. Он сделал много добра для Церкви. Он успел понизить пескезий на 1000 червонцев. В 1564 г. он созвал большой со- бор, на котором предлагал "исправить и вразумить клириков, смирить архонтов и удержать их от разных плохих притязаний". Но собор, по проискам клириков и фанариота Михаила Кантакузена, обвинил самого Иосафа в симонии и, не приняв никаких его объяснений, низложил этого достойного патриарха.