После смерти Юлиана войско провозгласило императором Иовиана, православного. Он, заключив с персами мир и вернувшись в пределы империи, даровал Церкви покой. Иовиан возвратил святителя Афанасия в Александрию, в Антиохии же оказал особое уважение святителю Мелетию. К язычникам он относился снисходительно. В следующем, 364 году, Иовиан умер от удара или от отравы.
Войско провозгласило императором полководца Валентиана, который держался православной веры, оказывал усердие к Церкви, но не стеснял язычников, запретив только приношение животных в жертву, магию, гадания, ночные и тайные обряды. Своим соправителем Валентин назначил своего брата Валента, которому предоставил Восточную часть империи. Валент сразу выявил себя сторонником ариан, предоставлял волную свободу еретикам, евреям и язычникам. Последние публично совершали свои обряды, восстановленные Юлианом и запрещенные Иовианом. Валент воздвиг гонение против Святителей Мелетия Антиохийского и Кирилла Иерусалимского. Но христианство к тому времени было настолько сильно и все более распространялось, что Валентиан в указе от 368 г. назвал язычество religio paganorum, т. е. верою поселян. Валентиан скончался в 375 г. в Паннонии. Преемствовал ему сын Грациан, управлявший Галлией.
В 378 г. Валент выступил из Константинополе в поход против готов. На пути его остановил отшельник Исаакий и сказал: "Государь, перестань враждовать против Господа, и Он благословит путь твой". Царь сначала не обратил на него внимания, но когда отшельник не отставал от него на второй и третий день, грозя гневом Божиим, говоря: "Ты не одолеешь врагов, а погибнешь", то велел заключить его в тюрьму, намереваясь казнить по возвращении из похода. Вблизи Адрианополя Валент потерпел поражение, был ранен. Удалось ему с несколькими воинами укрыться в хижине. Враги настигли их, зажгли в пылу стычки хижину и царь сгорел. Наследника он не имел, и власть в 378 году перешла к Грациану. Грациан (375-383) сразу же объявил полную свободу православным и возвращение из ссылки пострадавших при Валенте за веру. Освобожден был преп. Исаакий, который основал в Константинополе обитель, названную потом Далматовой, по имени его преемника Далмата. В самом начале царствования он сложил с себя титул pontifex maximum, конфисковал имущество языческих храмов, отнял у жрецов и весталок привилегии и государственное жалование и т. д.
В 379 г. полководец Феодосий, победив готов, признан был Грацианом императором Востока и Фракии. Он был христианином. В 380 г. Феодосием и от имени Грациана был издан указ в пользу православной веры. По прибытии в Константинополь он изгнал арианского епископа и возвратил все церкви православным. Феодосий торжественно ввел в соборный храм св. Софии Святителя Григория Богослова, православного архиепископа Константинополя, им очень почитавшегося. Феодосием был созван Константинопольский второй Вселенский Собор.
Император Грациан в 382 г. в Риме повелел вынести из сената языческую статую Победы. Сын его и преемник Валентиан 2-й, находившийся под влиянием матери Юстины, потворствовал арианам, встретив в 386 г. решительное сопротивление святителя Амвросия, епископа Медиоланского. В отношении язычников Валентиан 2-й был тверд и пал в 392 г. жертвой их заговора.
Император Феодосий, победив поставленного после него языческой партией Евгения, вступил в 394 г. в Рим самодержавным царем Востока и Запада. Язычеству нанесен был им уничтожающий удар. В 395 г. Феодосий умер в Милане. Империю свою он разделил между сыновьями. Старший Аркадий (395-408) наследовал восточную половину, младший Гонорий (395-423) - западную. Они оба продолжали уничтожение язычества. Гонорий приказал разрушать все оставшиеся еще храмы и удалил язычников с государственных должностей. На востоке, по указанию Аркадия, монахи-миссионеры обходили провинции и обращали оставшихся там язычников.
Сын Аркадия, восточный император Феодосий 2-й (408-450) издал в 425 г. закон об уничтожении языческих храмов, если такие еще существуют. Только в Афинах, в среде неоплатонической школы, держалось еще язычество.
Имп. Юстиниан I-й (527-566) велел в 529 г. закрыть последние языческие школы в Афинах и всех оставшихся язычников с женами и детьми крестить, наставив предварительно в истинах веры. Последние представители язычества, философы, числом семь, удалились в Персию. Из остальных язычников патриций Фотий, уличенный в злом умысле против императора, казнен, другие лишены имений. Только в горных ущельях горы Тайгета, вблизи Спарты, между горами удержалось поклонение Зевсу даже до половины 9 в. (еп. Арсений).