Пока учение Диодора и Феодора распространялось только как частное мнение в кружке людей, занимавшихся богословскими вопросами, оно не встречало опровержений и осуждений со стороны Церкви. Но когда архиепископ Константинопольский Несторий затеял сделать его общецерковным учением, Церковь выступила против него как ереси и торжественно осудила. Несторий был учеником Феодора Мопсуетского и воспитанником Антиохийского училища. Он возглавил борьбу с Церковью и дал свое имя этому еретическому учению. Еще будучи в Антиохии иеромонахом, он славился красноречием и строгостью жизни. В 428 году император Феодосий II младший сделал его Константинопольским архиепископом. Несторий привез из Антиохии пресвитера Анастасия, который сказал в церкви несколько проповедей в духе учения Ф. Мопсуетского, что Деву Марию следует называть не Богородицей, а человекородицей. Подобное учение было новостью, так как в Константинопольской, Александрийской и других церквах сохранялось древнее православное учение о соединении в Лице Господа Иисуса Христа двух естеств. На это соединение смотрели, как на существенное соединение в одно Богочеловеческое Лицо, и не допускалось в Нем, как едином лице, разделения Божества от человечества. Отсюда в общественном наименовании Пресвятой Девы Марии было Богородица. Эти проповеди Анастасия взволновали весь клир, монахов и народ. Несторий для прекращения волнений стал сам проповедовать и отвергать название Богородица, по его мнению, непримиримое с разумом и христианством, но и не допускал названия человекородица, а назвал Пресвятую Деву Христородицей. После этого объяснения волнения в Константинополе не утихали. Нестория стали обвинять в ереси Павла Самосатского, так как было понятно, что речь идет не только о названии Девы Марии Богородицей, а о Лице Иисуса Христа. Несторий стал преследовать своих противников и даже осудил их на Константинопольском соборе (429 г.), но тем только увеличил число своих врагов, которых и без того было много по случаю предпринятого им исправления нравов клира. Скоро слух об этих спорах проник и в другие церкви и здесь начались рассуждения.
В Антиохии и Сирии очень многие приняли сторону Нестория, по преимуществу лица, вышедшие из Антиохийского училища. Но в Александрии и Риме учение Нестория встретило сильное противодействие. Александрийским епископом в то время был св. Кирилл (с 412 г.), человек богословски образованный и ревностный защитник православия. Прежде всего, в пасхальном послании он изложил, как вредно для христианства учение Нестория. Это на Нестория не подействовало, и он продолжал в письмах к Кириллу отстаивать правильность своего учения. Тогда Кирилл особым посланием известил императора Феодосия II, его супругу Евдоксию и сестру Пульхерию об учении Нестория. Затем он сообщил об этой ереси папе Целестину. Несторий тоже писал в Рим. Папа Целестин созвал в Риме собор (430), осудил на нем учение Нестория и потребовал от него, под угрозой отлучения и низложения, отказаться от своих мыслей в течение 10 дней. Заключение собора было отправлено Несторию и восточным епископам через Кирилла, которому папа передал свой голос. Кирилл уведомил Нестория и епископов о постановлениях Римского собора, и особенно убеждал Иоанна, архиепископа Антиохийского, отстаивать православие. В случае принятия ими стороны Нестория, они дадут повод к разрыву с церквами Александрийской и Римской, которые уже высказались против Нестория. Иоанн, сочувствовавший образу мыслей Нестория, ввиду предупреждения Кирилла, написал Несторию дружеское письмо, в котором убеждал его употреблять выражения о Пресвятой Деве Марии, принятые древними отцами. Между тем, Кирилл на соборе в Александрии (430 г.), осудил учение Нестория и издал против него 12 анафематизмов, в которых доказывал нераздельное соединение в Лице Господа Иисуса Христа двух естеств. Эти анафематизмы Кирилл препроводил Несторию со своим посланием. Несторий, со своей стороны, ответил 12 анафематизмами, в которых осуждал тех, кто приписывают страдания Божеству и проч. Они были направлены против Кирилла, хотя к последнему они не приложимы. Сирийские епископы, получив анафематизмы Кирилла, тоже восстали против них. У них была точка зрения идей Феодора Мопсуетского. Блаженный Феодорит, ученый епископ Кирский, написал на них опровержение. Для прекращения такого раздора между предстоятелями знаменитых церквей и утверждения православного учения, имп. Феодосий II решился созвать вселенский собор. Несторий, чью сторону в то время занимал Феодосий, сам просил созыва вселенского собора, находясь в убеждении, что его учение, как правильное, восторжествует.