Через два дня супруги отправились в свадебное путешествие – пароходом до Сицилии, через Неаполь и Рим во Флоренцию, Венецию и Мюнхен. Путешествие завершилось в Париже. Шлиман всячески просвещал молодую жену, водил её по музеям, нанял учителей итальянского и французского языков, чтобы она могла общаться с его друзьями. Были и казусы: в галерее Мюнхенского дворца он увидел портрет молодой женщины в греческом головном уборе, на следующий день Шлиман велел Софии надеть аналогичный и повёл её в галерею, чтобы посетители могли убедиться, что живой образ не хуже живописного; она разрыдалась и убежала. Потрясение Софии оказалось слишком тяжело, она медленнее, чем хотел Генрих, адаптировалась к новому образу жизни. В Париже у неё развилась депрессия, сопровождаемая мигренями и тошнотой, врачи рекомендовали вернуться в привычную обстановку. Вскоре Шлиман получил известия о кончине средней дочери Натальи (28 ноября в возрасте 10 лет) и отбросил все свои планы. 19 февраля 1870 года супруги вернулись в Афины. Отчасти это произошло и потому, что Шлиман предсказывал начало франко-прусской войны. В Афинах Шлиман купил дом возле площади Синтагма, где и поселился с Софией, начав в Стамбуле процесс получения разрешения на раскопки на Гиссарлыке.
Деятельный Шлиман не усидел в Афинах и, наняв небольшое судно, совершил в марте 1870 года плавание по Кикладам, посетив Делос, Парос, Наксос и Тиру, интересовавшие его с археологической точки зрения. Поскольку София была ещё не вполне здорова, а османские власти тянули с разрешением на раскопки, Генрих отправился в Троаду один.
1 апреля, не дождавшись разрешения, он на собственный страх и риск нанял дюжину рабочих из окрестных селений и начал раскопки, которые, по выражению Ванденберга, замышлялись «как своего рода акция протеста». Ему активно помогал Калверт, и 9 апреля на северо-восточном откосе холма Гиссарлык Шлиман обнаружил остатки каменной стены в пару метров толщиной, но без разрешения дальше работать было бессмысленно, хозяева земли заставили Шлимана засыпать траншеи, что и было сделано к 22 апреля. Разведка позволила Шлиману оценить объём и стоимость работ. Калверту он писал:
После начала франко-прусской войны Шлиман поспешно отбыл в Париж (через Цюрих), чтобы защитить свою собственность. София осталась в Афинах, Шлиман жаловался ей на одиночество, но вёл прежний образ жизни, активно занимаясь верховой ездой и выезжая в Булонь на морские купания. Будущие раскопки тревожили его сильнее военных угроз: в день Седанского сражения (2 сентября) он написал министру образования Османской империи Сафвед-паше. В послании Шлиман извинялся за поднятую в прессе шумиху (она ухудшила отношения, в том числе и с Калвертом). В начале сентября Шлиман отбыл в Великобританию, с 29 сентября по 28 октября вместе с Софией жил в Аркашоне. В письмах к сыну Сергею он глухо упоминал, что беспокоится о судьбе парижской недвижимости, «которая может быть взорвана или сожжена новыми вандалами». 21 ноября Шлиманы вернулись в Афины, а Генрих принял решение строить в Греции семейный дом, поскольку его влекли раскопки, а София жить в Париже отказывалась.
Поздней осенью молодая София забеременела, Шлиман пригласил для наблюдения за ней профессора Афинского университета Веницелоса – он получил гинекологическое образование в Берлине. Поскольку разрешение на раскопки так и не было дано, в декабре Шлиман отправился в Стамбул. Для переговоров он привлёк посла США Маквига, а также полагался на собственное знание турецкого языка, причём Шлиман сам оценил свой словарный запас в 6000 слов. В течение трёх недель Шлиман обошёл множество ведомств Османской империи, его принимали дружелюбно, но дело не двигалось. Шестьдесят две страницы его дневника за 1870 год написаны на староосманском языке115
, усовершенствовал он и персидский. Неутешительные известия приходили и от Калверта – Шлиман поручил ему купить для себя западную половину Гиссарлыка, но и это дело затягивалось.