Задача авторов исследования сводилась к следующему: «во – первых, детально зафиксировать остатки каменной кладки и выяснить её стратиграфию, во – вторых, извлечь максимальную научную информацию из профилей котлована» 9 .
Первым этапом работы археологов было выяснение размеров храма. В отчёте сообщается: «В результате работ установлено, что раскрытые кладки принадлежат белокаменному подклету церкви (14,2–19,8 м с апсидами; ширина стен от 2,4 до 3,6 м; внутреннее пространство в ширину 9,2 м, в длину 13,3 м по оси центральной апсиды) <…> Храм крестово – купольный. Апсиды чётко выражены в уровне подклета (их ширина изнутри: 1,5; 2,2; 1,6 м) так же, как 4 квадратных подкупольных столба (2,4х2,4 м по булыжному основанию; 1,9х1,9 м – по белокаменной кладке). Ширина северного и южного нефов 1,5–1,6 м, центрального – 2,3 м, западного – 2,5 м» 10 . Важной находкой археологов были две сохранившиеся дубовые сваи диаметром от 15 до 25 см и длиной до 1,5 м, служившие основанием стен храма. Все особенности расчищенного фундамента убедительно свидетельствовали о его принадлежности XVI веку.
Заслуживают внимания результаты работ по исследованию территории и захоронений около фундаментов собора. Как известно, древнейший некрополь монастыря располагался вблизи храма. Археологами было установлено, что «могилы кладбища пробили культурный слой поселения домонастырского времени. В профилях сохранились участки непотревоженного слоя и подстилающих его почвенных горизонтов. В слое встречена круговая древнерусская (курганная), а также серая керамика XII – первой половины XIII века. Некоторые фрагменты серых сосудов украшены «косой волной», это позволяет предполагать, что поселение продолжало существовать во второй половине XIII века. Найден фрагмент слабопрофилированного лепного горшка с вертикально стоящим срезанным венчиком роменского облика, позволяющий датировать возникновение поселения XI столетием. Культурный слой залегает на юрских глинах. Древнее поселение располагалось на краю первой террасы Москвы – реки при впадении в неё ручья. Можно предположить, что к этому поселению относилось вятичское погребение XII–XIII вв., обнаруженное на территории Николо – Угрешского монастыря в 1973 году (Музей истории Москвы. ОФ. 24654)» 11 .
При раскрытии фундамента и подклетной части Никольского собора оказалось, что вся его конструкция в процессе многочисленных перестроек со временем превратилась как бы в монолитную плиту. Уже к XVIII веку весь подклет собора был плотно забутован. Эта особенность объясняется неустойчивостью болотистого грунта на месте строительства. По – видимому, с данным обстоятельством связаны и все значительные перестройки собора, которые многократно предпринимались с целью укрепления его конструкций. Забутовка подклета привлекла особый интерес исследователей. В ней в изобилии были обнаружены белокаменные детали вторичного использования, принадлежавшие одному или даже нескольким храмам более ранней постройки. Подобные детали были также найдены и в кладке фундамента XVI века. В отчёте сообщается, что многие из них «…несут следы выветривания, патину, следы покраски, а также сильного пожара. Кроме камней встречаются редкие фрагменты кирпича (в том числе плинфообразного) и куски старого раствора, а в растворе, на котором велась кладка подклета, содержится огромное количество фрагментов фресок, возможно попавших в смесь не случайно, а как отощающая добавка – наполнитель» 12 .