Повстанцы оказывали упорное сопротивление. 25 июня войско повел в атаку сам Гуня. Ядром был убит казак, несший бунчук над повстанческим гетманом. Гуня подхватил бунчук и бросился вперед. И хотя ни тогда, ни позднее повстанцам не удалось прорвать вражеское кольцо, паны все же не смогли сломить их сопротивление. 1 июля Потоцкий отправил к Гуне своих представителей с копиями сеймовых постановлений (сейм состоялся в марте — апреле 1638 г.), предусматривавших сохранение реестра в прежнем размере. Этим польный гетман рассчитывал вызвать раздор в повстанческом войске, отколов реестровцев от основной массы повстанцев. Но войско единодушно отвергло сеймовые постановления. Характеризуя настроение повстанцев, Окольский отметил, что они «выше всего ставили крестьянские претензии».
В конце июля Н. Потоцкий предпринял генеральный штурм повстанческого лагеря. У осажденных уже кончались запасы продовольствия и пороха. Попытка казацкого полковника Филоненко с двухтысячным отрядом прорваться к осажденным и доставить им продовольствие в целом не имела успеха: пробилось всего несколько сот человек лишь с двухдневным запасом продовольствия.
Кольцо осады еще больше сжалось. Осажденные теряли последнюю надежду на помощь. Этим и воспользовалась часть реестровых старшин, примкнувших к восстанию. Как это бывало и раньше в подобных случаях, сторонники соглашения с панами начали уговаривать повстанцев принять предложения Потоцкого и отправили к нему депутацию из трех старшин — Романа Пешты, Ивана Боярина и Василия Сакуна. Те же, кто не пошел на соглашение, во главе с Гуней и Филоненко той же ночью покинули лагерь у Старца и ушли на Запорожье.
Соглашение было заключено 29 июля 1638 г. Н. Потоцкий, по словам бискупа Пясецкого, лично заверял повстанцев (имелись в виду реестровые казаки, участвовавшие в восстании), что на ближайшем сейме им возвратят утраченные вольности. Как и всегда в таких случаях, повстанцев обещали не преследовать за участие в восстании. Но когда они начали небольшими группами расходиться по домам, их стали беспощадно уничтожать.
Усиление польско-шляхетского гнета.
30 августа 1638 г. Н. Потоцкий созвал в Киеве «общую раду» реестровых казаков, в которой, однако, кроме старшин, имели право принять участие лишь по нескольку рядовых казаков от каждого из шести полков. На раде была оглашена так называемая Ординация Войска Запорожского реестрового, принятая на весеннем сейме 1638 г. Она отменяла «на вечные времена все льготы, доходы, право на самосуд (казацкий суд. — Ред.) и на выбор старшин». Вместо гетмана реестра (или старшего) назначался комиссар, избранный сеймом по рекомендациям коронных гетманов и обязательно из шляхты. Комиссару, резиденцией которого должен был стать Трахтемиров, предоставлялась военная и судебная власть в реестре и поручалось решительно подавлять любое «своевольство казацкое». Реестр должен был состоять из шести полков по тысяче казаков в каждом. Войсковые есаулы и полковники также назначались польским правительством «из шляхтичей опытных в военном деле и известных непоколебимою верностью».Реестровцы имели право селиться только в Черкасском, Каневском и Корсунском староствах, а также в пограничных городах.
Все остальные пункты Ординации были направлены против Запорожской Сечи. Реестровый гарнизон за порогами должен был разгонять «своевольные скопища на островах и речках». Не только население, но и реестровцы не имели права под страхом смертной казни появляться за порогами без специального письменного разрешения.
Таким образом, Ординация 1638 г. лишала реестровцев всех полученных ранее прав, во всяком случае формально, и ставила их в полное подчинение назначенным сеймом и польским правительством начальникам.
24 ноября того же года в урочище Маслов Став состоялась «заключительная комиссия с козаками». В присутствии Н. Потоцкого и других панов было объявлено постановление, где говорилось, в частности, что казаки «покорно принимают заслуженное ярмо на свои шеи». Комиссаром реестра назначался шляхтич П. Комаровский, войсковыми есаулами — И. Караимович и Л. Бубновский. Полковых есаулов и сотников разрешалось избирать самим казакам. Среди избранных — два сотника — Чигиринский Богдан Хмельницкий и переяславский Федор Лютай — будущие деятели освободительной войны 1648–1654 гг.
В подкрепление принятых постановлений, направленных против Запорожской Сечи, было решено немедленно отстроить крепость Кодак согласно правилам голландской фортификационной техники, расширить ее и втрое увеличить гарнизон.