Несмотря на то, что первой международной поездкой президента В. Ющенко был визит в Москву, открытая и довольно радикальная проевропейская риторика нового президента и его окружения вызывала идиосинкразию у высшего российского политического руководства, которая выливалась в практические действия, направленные на удержание Украины в зоне российского влияния. Кроме того, стремление В. Ющенко вывести украино-российские отношения именно на уровень межгосударственных поставило под угрозу стабильность действующих энергетических схем, приносящих сверхприбыли клановым структурам обеих стран.
Весной 2005 г. украинской власти, увлекшейся разработкой перспектив евроинтеграции, был послан первый сигнал — российские компании, доминирующие на украинском рынке нефтепродуктов, ссылаясь на резкое повышение цен на нефть в мире, подняли цены на бензин и дизельное топливо. Это произошло накануне посевной кампании. Осенью 2005 г. был подан второй сигнал — российский газовый монополист «Газпром» объявил о почти пятикратном повышении цен на газ для Украины (также в связи с ростом мировых цен на энергоносители). Это вызвало переполох в верхах украинской власти и в клановых структурах, паразитирующих на торговле энергоносителями, унаследованных ею. Чрезвычайно нервные и изнурительные межправительственные переговоры, сопровождаемые торгом между кланами, привели к весьма двусмысленной сделке, практически восстанавливающей старые непрозрачные схемы взаимодействия между энергетическим лобби России и Украины. Цены на газ были повышены, но в два раза, с перспективой их повышения до намеченной отметки в $230 за тысячу кубических метров в ближайшей перспективе. Одновременно российское руководство начало крупный проект по строительству нефтегазовой магистрали через Балтийское море в Германию, который должен освободить Россию от «транзитной зависимости» от Украины.
Во время «газовой войны» в обеих странах нагнеталась общественная истерия по поводу «энергетической войны»: контролируемые властью телеканалы в России обвиняли Украину в краже газа, деловой недобросовестности и шантаже (Украина грозила повышением цен на транзит газа в Европу, а поскольку около 80 % валютных поступлений от торговли нефтью и газом поступали именно через украинский транзит, это было довольно болезненным). В украинских средствах массовой информации заговорили об имперских амбициях России и энергетическом шантаже, направленном на ограничение суверенитета Украины.
Серия экономических акций со стороны России дополнилась в 2005–2006 гг. запретом на ввоз мясомолочной продукции из Украины из-за несоответствия ее российским санитарным нормам и предложениями по ограничению ввоза металлопродукции (под предлогом их предполагаемой радиоактивности). Украинские власти в свою очередь, ссылаясь на необходимость борьбы с контрабандой, развернули «земляные работы» на украинско-российской границе в восточных областях…
Как и следовало ожидать, автоматически обострилась проблема Крыма и Черноморского флота. Украинское руководство, отвечая на повышение цен на газ, заговорило о необходимости пересмотра условий аренды российским Черноморским флотом баз в Крыму — речь шла о повышении арендной платы в 5-10 раз. Начатая по инициативе украинской стороны в начале 2006 г. инвентаризация земель и объектов на побережье Крыма вскрыла факты самоуправства и сомнительных сделок со стороны командования Черноморского флота России, коррупции и пренебрежения национальными интересами со стороны украинской власти — как центральной, так и местной. В прессе всплыла информация о продаже за бесценок или даже безвозмездной передаче прибрежных земель и курортно-санаторных объектов Крыма российским структурам. Зимой 2006 г. вспыхнула «война за маяки» — более двух десятков навигационных объектов оказались присвоенными Черноморским флотом России без официального согласования с предыдущим украинским руководством однако при явном его неформальном попустительстве. К лету 2006 г. вновь всплыла тема Керченского пролива и размежевания вод акватории Азовского моря — при этом ход межправительственных переговоров и их тональность свидетельствовали о том, что стороны вряд ли настроены на компромисс.