Первой в 2006 году была создана российско-литовская комиссия. С российской стороны её возглавил директор Института всеобщей истории РАН, академик Александр Чубарьян, с литовской — директор Института истории Литвы, доцент кафедры истории Литвы исторического факультета Вильнюсского педагогического университета Альвидас Никжентайтис. С первых же дней была определена область совместных исследований: «Пакт Молотова — Риббентропа» и события 1940 года в Прибалтике. По итогам первого раунда переговоров в 2006 году вышел сборник документов «Россия и Литва в годы Второй мировой войны (март 1939 — август 1940)». Министр иностранных дел Литвы Антанас Валионис оценил этот сборник как «литовскую версию оценки событий предвоенного периода» — российские коллеги-историки работой над этим сборником якобы подтвердили теорию оккупации. Российскому МИД пришлось это опровергать (второй том сборника документов был презентован в Вильнюсе в марте 2013 года).
Впоследствии работа российско-литовской комиссии была практически прекращена. Последняя встреча российских и литовских историков в рамках комиссии проходила осенью 2009 года в Вильнюсе — «круглый стол» «Столетия рядом. Исторические связи России и Литвы до 1991 года», посвященный 515-летию подписания мирного договора между Великим княжеством Московским и Великим княжеством Литовским. То есть за пределы средневековья ученые двух стран, изначально объединенные для решения сложных межгосударственных вопросов, в конечном счете выйти не решились. В следующем году литовский Сейм принял закон об уголовном преследовании за «отрицание факта оккупации», в 2011 году во время визита главы российского МИД Сергея Лаврова в Вильнюс литовский коллега Аудронюс Ажубалис публично потребовал от российской стороны принести извинения за «оккупацию» с последующей выплатой компенсаций… И работа российско-литовской комиссии историков на таком фоне окончательно сошла на нет. Дошло до того, что когда в 2013 году после 8-летнего перерыва в Литве возобновила свою работу Международная комиссия по оценке преступлений нацистского и советского режимов, российские участники двусторонней комиссии историков не только не были приглашены к работе в данной структуре, но даже не были поставлены в известность о её создании.
Еще хуже сложилась история с российско-латвийской комиссией: после трех лет работы Латвийская республика со скандалом отказалась в ней участвовать.
Комиссия была учреждена в 2011 году — по итогам официального визита в Москву президента Латвии Валдиса Затлерса. С российской стороны её возглавил всё тот же глава Института всеобщей истории РАН, академик Александр Чубарьян, с латышской — профессор Латвийского университета, член комиссии историков при президенте Латвии Инесис Фелдманис (знаменитый к тому времени фразой «Лагерь строили привезенные из Германии евреи, и из них какая-то тысяча в Саласпилсе погибла»). По словам Фелдманиса, накануне старта работы комиссии латвийские историки уже определили список тем, по которым их позиция меняться не будет, и среди них, разумеется, «50 лет советской оккупации».
«Хочу подчеркнуть главное, что даст эта комиссия: она способствует пониманию в России, что, какой бы ни была история, историческую правду следует признавать и что не может быть так, что цвет истории только белый или только черный. История не белая и не черная, она серая, и у всех в ней есть свои грехи. Надеемся, что историческая комиссия поспособствует тому, что российские официальные должностные лица придут к выводу, что у них нет иного выхода, как только официально признать факт оккупации в Латвии», — прокомментировал И. Фелдманис первое заседание российско-латвийской комиссии газете «Diena».
У латвийских и литовских официальных историков, таким образом, чувствуется общий стиль: создание межгосударственной комиссии они восприняли как проявление Россией слабости и вознамерились надавить на российских коллег, чтобы они в конце концов признали «советскую оккупацию».
«Существует сотрудничество между историками России и Латвии в вопросе изучения других исторических эпизодов, не связанных с оккупацией, но для латвийской стороны это всё второстепенно, — рассказывал RuBaltic.Ru член двусторонней комиссии с российской стороны, историк Александр Сытин. — С российской стороны предлагалось довести хронологические рамки для работы комиссии хотя бы до 1905 г. — а им это неинтересно. Надо сказать, что всё-таки латвийский состав комиссии очень политизирован и идеологизирован. Это не свободные историки, это люди, которые обслуживают определенные идеологические требования государства».