«Бронзового солдата» неоднократно оскверняли: вандалы измазывали его краской, накидывали на шею памятника веревку, символизирующую виселицу. Националисты в таллинском самоуправлении доказывали, что не может в центре города оставаться массовое захоронение (что довольно странно: церковь Каарли, напротив которой находился мемориал, ранее окружало кладбище).
Наконец, и премьер-министр Андрус Ансип провозгласил «Бронзового солдата» символом оккупации, который давно пора снести (происходило всё это, что характерно, накануне очередных парламентских выборов). В начале 2007 года Рийгикогу принял, а президент Тоомас Хендрик Ильвес подписал «Закон о защите воинских захоронений», который дал основания для перезахоронения останков военнослужащих, которые покоятся в не соответствующих этому назначению местах — в парке, в зеленой зоне, в зданиях вне кладбищ, а также в местах, где воинские захоронения невозможно обеспечить надлежащим уходом. Статья 10 Закона предусматривала перенос находящихся на месте захоронения могильных памятников, плит и крестов на место перезахоронения. В ночь с 26 на 27 апреля «Монумент павшим во Второй мировой войне» был демонтирован, 28 апреля захоронения советских военнослужащих были вскрыты, остатки тел вынуты и перевезены вслед за памятником на военное кладбище.
Грядущее осквернение могил воинов, погибших в войне с нацизмом, со сладострастным предвкушением муссировалось эстонскими ультраправыми полтора десятилетия независимости, и когда это осквернение стало реальностью, последовал всплеск ярости русского населения Эстонии.
В день переноса памятника на Тынисмяги собралось около 2 тысяч человек. После наступления темноты полиция вытеснила демонстрантов с площади с применением газа, резиновых пуль и светошумовых гранат. В ответ защитники «Бронзового солдата» забрасывали полицию камнями, затем начали крушить остановки, бить витрины магазинов и переворачивать автомобили. Один из протестующих, 20-летний Дмитрий Ганин, скончался от многочисленных ножевых ранений. На следующий день погромы в Таллине повторились, «русский бунт» перекинулся на заселенный преимущественно русскоязычными северо-восток Эстонии: стихийные митинги с последующими столкновениями с полицией прошли в Нарве, Силламяэ, Йыхви. Власти арестовали лидеров движения «Ночной дозор», организовавших охрану памятника, а с ними ещё больше 1200 человек. Позже Комитет ООН против пыток и Европейский суд по правам человека установят нарушение Эстонией статьи № 3 Европейской конвенции по правам человека (запрет пыток, бесчеловечного и унизительного обращения).
Около трети задержанных эстонской полицией в те ночи были эстонцами. Были свидетельства, что на Тынисмяги захоронены останки эстонских солдат, в составе Красной армии освобождавших Таллин от гитлеровцев, и «Бронзовый солдат» — это эстонец. «Мнение, что это захоронение — памятник освободителям, сформировалось у людей лишь за последние 20 лет. Бронзовый солдат — это представитель эстонского народа, который склоняет голову перед теми, кто погиб за его Родину. Он — эстонец и к русскому Алеше никакого отношения не имеет», — утверждал Герой Советского Союза Арнольд Мери, воевавший в составе 249-й Эстонской дивизии и 8-го Эстонского стрелкового корпуса Красной армии[44].