Первый комплекс нововведений касался взаимоотношений между государством и католической церковью, позиции которой, хотя уже несколько ослабленные реформами Марии Терезии, все еще держались на привилегиях, по мнению Иосифа, по-прежнему обеспечивавших ей статус государства в государстве. К тому же, с точки зрения государства, нежелание католической церкви на практике признать веротерпимость
Затем пришло время мер, благодаря которым имя Иосифа, по-видимому, никогда не изгладится из народной памяти: в октябре 1781 г. был обнародован патент о веротерпимости, который заклеймил религиозные преследования и аннулировал большую часть ограничений в области обрядов богослужения, архитектуры, убранства храмов и пр., ранее касавшихся, прежде всего, лютеран, кальвинистов и униатов. Им были также возвращены все гражданские права (теперь они могли становиться старейшинами гильдий, получать университетские дипломы и т. д.) и открыт доступ на государственную службу. Два года спустя право свободного богослужения распространилось даже на иудеев. Хотя они и оставались ущемленными в своих гражданских правах, все специальные законы и положения, регулировавшие жизнь этой религиозно-этнической группы, были упразднены. И в довершение церковных реформ в январе 1782 г. Иосиф II распустил все монашеские ордена, не занимавшиеся школьным обучением. На базе их владений и собственности был учрежден особый «религиозный фонд», средства которого использовались на создание новых приходов, строительство новых начальных школ и на открытие в Пожони государственной семинарии, где будущие священники должны были воспитываться в духе реформ короля Иосифа. Стремясь всячески экономить, государь вникал даже в такие частности, как количество процессий и паломников в святые места, подвергал сомнению необходимость музыки во время богослужения, богатого внутреннего убранства, свечей и даже целесообразность (доходя до абсурда) использования гробов во время похорон, чем вызывал глухую враждебность со стороны как католического духовенства, так и самой паствы. Но даже персональный визит в Вену весной 1782 г. римского папы Пия VI не поколебал решимости Иосифа II.
В отношении аппарата управления Иосиф предпочитал через определенные промежутки времени непосредственно обращаться к своим чиновникам в т. н. «пасторальных письмах», в которых давал им инструкции, определял принципы политики и правила поведения. Еще в 1782 г. он начал реорганизацию правительства, объединив Австрийскую и Богемскую канцелярии с Венгерской палатой, а затем Венгерскую и Трансильванскую канцелярии. При этом он передал Венгерскую палату губерниуму и в