По инициативе Кошута, только что вернувшегося из поездки по Среднедунайской равнине, население которой он агитировал идти в армию, Ламберг был обвинен парламентом в государственной измене. 28 сентября Ламберг, пытавшийся лично встретиться с Баттяни, был повешен толпой жителей Пешта. Эти события предшествовали исторической схватке 29 сентября, в результате которой наступавшие войска Елачича были остановлены и разбиты силами генерала Яноша Моги у Пакозда, в 40 км к юго-западу от Буды.
Период, начавшийся с опубликованного Вессенбергом императорского послания и завершившийся битвой у Пакозда, известен как «сентябрьский кризис». За это время венгерская революция переросла в оборонительную войну, по сути в войну за независимость, чтобы сохранить достижения мирного законотворческого процесса, протекавшего весной 1848 г. У революции не было альтернативы: в противном случае она должна была пожертвовать всеми своими успехами и покориться контрреволюции, которая официально началась 3 октября публикацией королевского указа о роспуске государственного собрания и назначении Елачича, к этому времени королевского комиссара, главнокомандующим войсками Венгрии. Страна официально признавалась мятежной, и все, кто продолжал оказывать сопротивление, считались государственными преступниками. (Если строго следовать этой логике, то казнь Баттяни после окончания войны за независимость была обыкновенным убийством, так как он ушел в отставку за день до публикации королевского указа.) Государственное собрание посчитало указ не имеющим законной силы и посему не подлежащим исполнению. Зато национальный Комитет обороны, возглавлявшийся Кошутом, 8 октября был наделен всей полнотой исполнительной власти в стране.
«Цепная реакция», происходившая в марте, казалось, опять повторилась. Сторонник Елачича военный министр Латур намеревался послать австрийские войска в помощь хорватскому бану, который к этому времени уже приближался к австрийской границе, преследуемый венгерскими войсками. По вполне понятным соображениям венгры, многие из которых прежде служили в австрийской армии, не решились нарушить границу империи Габсбургов. Венские радикалы, идеализировавшие венгерских революционеров, подняли тогда третье восстание, 6 октября завершившееся победой. Латур закончил свой земной путь на фонарном столбе. Двор вновь бежал из столицы, на сей раз в Оломоуц (Моравия), где, однако, предпринял самые суровые меры. Главнокомандующим всеми габсбургскими армиями был назначен генерал Виндишгрец, который уже доказал свои способности, подавив в середине июня восстание в Праге. Через неделю он окружил Вену во главе 80-тысячного войска. Это соединение было слишком большим для венгерской армии, которая, в конце концов, (Кошуту пришлось даже самолично появиться в лагере) ступила на австрийскую землю, но была легко обращена в бегство во время сражения у Швехата 30 октября.
На следующий день революция в Вене была подавлена, а еще через день высшее венгерское военное командование подало в отставку, и Кошут предложил тридцатилетнему полковнику Артуру Гёргею возглавить армию и подготовить ее к неминуемой в скором времени войне с Австрией. Это было превосходное решение, и тем не менее, оно всегда, практически с самого момента его принятия вызывало и вызывает споры. Редкий стратегический дар Гёргея и его авторитет среди солдат были необходимы для сохранения остатков армии и для ее реорганизации, чтобы она могла противостоять вооруженным силам одной из великих держав того времени. При этом Гёргей всячески сопротивлялся политически мотивированным инструкциям Кошута, со взглядами которого серьезно расходился (а также просто по причине своей неприязни к гражданским личностям), принимая в штыки все, что, как он считал, противоречило военным соображениям, и, следовательно, впутывался в политику. Будучи диаметральной противоположностью Кошута, он, тем не менее, испытывал к нему чувство восхищения, переходящее в ненависть, и сам вызывал у недруга аналогичные эмоции. Возникшая между двумя лидерами враждебность не способствовала делу революции, в верности которой они оба клялись.