Последующие военные события показали, что в результате всех этих действий силы двух империй уравнялись и что турки не имели более подавляющего превосходства. Однако это вовсе не означало, что перевес оказался на другой стороне. Боевые действия велись с переменным успехом, и война становилась затяжной. Летом 1594 г. попытка эрцгерцога Матвея (Матьяша) взять Буду провалилась уже под стенами Эстергома, тогда как Дьёр, который считался ключом к Вене, пал под ударами войск Синана. В 1595 г., когда Порта оказалась вынужденной вести войну на два фронта, королевская армия наконец-то взяла Эстергом. Батори захватил укрепления в долине Марош и, объединившись с силами воеводы Михая, выиграл большое сражение при Джурдже в низовьях Дуная. Кампания 1596 г., которую лично возглавил новый султан Мехмед III, вновь оказалась за турками. Они взяли Эгер и, переломив поначалу неудачно складывавшийся для них ход сражения, разбили войска Батори и эрцгерцога Максимилиана в трехдневной битве при Мезекерестеше, которую можно считать одной из самых великих битв XVI в. В 1597 г. «Священная лига» безуспешно пыталась захватить Темешвар и Дьёр, хотя последний был легко взят в следующем году в результате неожиданной атаки Палфи. Последовавший за этим штурм Буды оказался неудачным, как и новые попытки взять венгерскую столицу в 1602 и 1603 гг. Если не считать нескольких крепостей, захваченных турками на более или менее длительное время, таких, как Эгер (1596) и Канижа (1600), ставшая центром четвертого вилайета на территории Венгрии, успехи обеих сторон, в целом, ограничивались тем, что одни и те же укрепленные пункты переходили на протяжении войны из рук в руки.
Первоначальное воодушевление сменилось глубоким разочарованием, обостряемым огромными человеческими жертвами и материальными разрушениями, приносимыми войной. На территориях передвижения войск таких, например, как Среднедунайская равнина, по которой турецкая армия маршировала всякий раз в очередные свои кампании, в комитатах, по которым проходила задунайская линия обороны, в части земель Верхней Венгрии севернее Дуная и в некоторых районах Трансильвании в податных ведомостях регистрировалось сокращение дворов на 60–70 % от того, что было до начала этой войны. Крушение надежд и планов порождало чувство горечи, мешавшее эффективности совместной антитурецкой деятельности как внутри страны, так и за рубежом. Со вздорностью характера Батори, самого слабого звена лиги, связан первый кризис. Отрекшись в 1598 г. от престола в пользу Рудольфа в обмен на герцогские владения в Силезии, он вскоре передумал и вновь занял трон Трансильвании, чтобы снова оставить его в 1599 г. На сей раз под давлением Польши он был заменен его племянником, кардиналом Андрашем Батори, который хотел вновь вернуть Трансильванию Порте. Желая воспрепятствовать этому, валашский воевода Михай, ободряемый Веной, вторгся в Трансильванию, разгромил Батори и был назначен Габсбургами правителем княжества. В 1601 г. Жигмонд Батори в последний раз появляется на политической сцене. Его снова избирают князем, но войска воеводы Михая и габсбургского генерала Джорджо Басты его изгоняют. После битвы наемники-валлоны убили воеводу Михая, и правителем беспокойной Трансильвании стал сам генерал. Он организовал здесь настоящий террор. Голод, охвативший все княжество, сопровождался массовыми преследованиями протестантов, неслыханными грабежами и истреблением местного населения, невообразимыми выкупами, которыми облагались города, все еще сохранявшие какие-то признаки былого процветания.
Временное согласие, к которому пришли дворянство и двор ради мобилизации всех сил королевской Венгрии на войну, также расстроилось из-за безрезультатности усилий. Даже до начала войны отношения между ними были напряженными, потому что Королевский совет стал терять свое значение и на влиятельные посты в венгерскую администрацию все чаще и чаще назначались иностранцы. Теперь, когда иностранные займы доставались со все более возрастающими трудностями, казначейство двора решило покрыть финансовый дефицит за счет дворянства, которое, по мнению чиновников, недостаточно пожертвовало на войну. Против нескольких магнатов были возбуждены уголовные дела с целью востребовать с них недоданные налоги. Те, кто оказал сопротивление, были приговорены к смертной казни и конфискации имущества как виновные в государственной измене. Особенно оскорбительным был процесс против верховного судьи Иштвана Иллешхази, стареющего магната, который (подобно некоторым другим обвиняемым) был твердым сторонником двора. Вместе с указом, добавленным к пакету законов, принятых парламентом в 1604 г., и запрещавшим отныне законодательному собранию обсуждать какие бы то ни было религиозные вопросы, все это казалось скоординированным наступлением на те права, которые дворяне и сословия сумели отвоевать для себя у двора после сражения при Мохаче.