В свете той роли, какую играла Трансильвания в течение нескольких последних десятилетий, а также тех ожиданий, которые связывались с ней на будущее, ее крах и особенно соучастие в этом крахе, как тогда принято было считать, самого императора, вызвали в Венгрии на первых порах глубокое недоумение и разочарование. Католики отреагировали на это первыми. Предчувствуя и используя желание Рима вновь вернуться к идее создания антитурецкой лиги, национальный венгерский синод 1658 г. призвал к восстановлению религиозного единообразия в стране как главному предварительному условию укрепления национальной обороны. Начавшаяся таким образом яростная контрреформаторская кампания оказалась «национальной» еще и в том смысле, что местные магнаты, участвуя в разделе имущества церквей, школ, типографий, а также личной собственности тех, кто бежал, делали это с оглядкой на возможность нежелательного появления иностранных иезуитов. Такое наступление католичества предопределило атмосферу, господствовавшую на съездах государственного собрания в 1659 и 1662 гг. Во время первого из них, в ситуации всеобщего разногласия только Зриньи благодаря своему авторитету смог привлечь внимание депутатов к важной теме военной реформы. В 1662 г. даже это не остановило разочарованных делегатов-протестантов. Не сумев привлечь большинство к обсуждению своих несчастий, они покинули съезд. Тем не менее, указы, принятые этим собранием, обнаружили растущее в стране понимание взглядов Зриньи относительно необходимости по-новому подойти к проблеме защиты страны.
Хотя в 1649 г. мир между Габсбургами и Портой был возобновлен еще на 22 года, обычные пограничные набеги и вылазки никогда не прекращались. Молодой Зриньи принимал в них весьма деятельное участие. Одновременно венгерский «феникс века» (к нему самому пристало определение, которое он дал королю Матьяшу) много сил тратил на разработку теории и пропаганду национального возрождения: он клеймил широко распространенные, по его мнению, в венгерском обществе, и особенно среди дворянства, леность и праздность, недоброжелательность, эгоизм и равнодушие к общественным делам. Он призывал сограждан обрести утраченный ими воинственный дух предков и создать постоянную армию на базе дворянства, гайдуков, свободных солдат из пограничных районов и даже из крестьян — армию, расходы на которую должны оплачиваться из налогов, поступавших в казну. Многие пункты этой программы были приняты государственным собранием в 1662 г. Для популяризации этих идей Зриньи сел за свой самый знаменитый памфлет «Целебное средство против турецкого дурмана» (1663), когда новый великий визирь Кепрюлю Ахмед отдал приказ начать новую военную кампанию против Венгрии.
Вооруженные силы Габсбургов под командованием Монтекукколи, который в начале 1662 г. с легкостью оккупировал Венгрию во главе 30-тысячной армии, приобретшей дурную славу по причине своей жестокости, не сумели подготовиться к отражению нависшей угрозы, и турецкие завоевания осенью 1663 г. завершились образованием шестого вилайета на территории Венгрии, к северу от Дуная. Пока император медлил, палатин Вешшелени сам обратился с просьбой к руководству Рейнского союза имперских держав и получил их поддержку. Под нажимом венгерского государственного собрания командующим венгерскими войсками был назначен Зриньи. В этой должности в союзе с войсками империи под командованием Юлиуса Вольфганга Гогенлоэ Зриньи провел очень красивую зимнюю кампанию 1664 г., глубоко проникая на территории Южного Задунавья, давно захваченного турками. Он освободил целый ряд крепостей и сжег мост в Эсеке через реку Драва, нарушив снабжение османской армии под аплодисменты всей Европы. Франция и Апафи выразили ему горячую поддержку и готовность помочь. Затем Зриньи приступил к штурму огромной крепости Канижа, однако Кепрюлю на сей раз объявил раннюю мобилизацию, и осаду пришлось снять. Армия Монтекукколи, получившая приказ вмешаться в ход боевых действий только в случае прямой угрозы Вене, безучастно наблюдала, как турки захватили и разрушили только что возведенную крепость Зриньи («новый замок Зриньи»). Турецкое наступление было окончательно остановлено 1 августа 1664 г., когда объединенные войска христианских государств одержали крупную победу в битве при Сент-Готарде.