После четырех лет беспрерывного наступления союзники-христиане были вынуждены временно остановиться по целому ряду причин. В конце 1688 г. Людовик XIV денонсировал мирный договор, который был подписан четыре года назад. Лучшие боевые части и генералы Габсбургов были переброшены на западный фронт империи. Тем временем новый великий визирь Кепрюлю Мустафа предпринял отчаянные попытки перейти в контрнаступление. В 1690 г. ему удалось не только взять крепости в северной части Балкан, потерянные в предыдущем году, но также и Белград. Англия, присоединившись к антифранцузской Аугсбургской лиге, существенно сняла давление с западного фронта. Это привело к крупной победе в сентябре 1691 г. под Саланкеменом. Однако, в целом, армия Габсбургов придерживалась здесь оборонительной тактики вплоть до конца войны с Францией в 1697 г. 11 сентября того же года по войскам Османской империи, измученным пятнадцатью годами войны, был нанесен решающий удар. В битве у Зенты, во многих отношениях антиподе битвы при Мохаче, армия, направленная султаном для восстановления контроля над Трансильванией или Верхней Венгрией, была почти полностью уничтожена. Победителем стал не кто иной, как габсбургский военачальник принц Евгений Савойский, чья блестящая карьера началась с того, что он, оставив двор Людовика XIV, присоединился к войскам, сражавшимся с турками во время осады Вены (1683). Он воевал против турок вплоть до 1688 г., а затем — в Северной Италии — против французов, чтобы вернуться на южный фронт империи уже верховным командующим. В знак признания его заслуг он был награжден огромным имением в Рацкеве (южнее Пешта), где построил в барочном стиле один из самых роскошных дворцов Венгрии. 26 января 1699 г. между государями держав, входивших в «Священную лигу», и Портой в местечке Карловцы был подписан мирный договор. Почти все досталось Габсбургам: практически вся Венгрия, за исключением части территорий Темеша и Срема.
После того как театр военных действий передвинулся в южные пограничные районы, ситуация внутри страны стала нормализоваться. Правительство Леопольда также разработало целый ряд мероприятий по реализации своих планов. На заседании государственного собрания в 1687 г., когда делегатам еще памятны были виселицы, установленные Караффой в Эперьеше, венгерское дворянство и сословия вели себя еще вполне покладисто. Они охотно согласились с требованиями императора изменить конституцию страны, выразили ему глубокую признательность за то, что он вмешался на их стороне в войну с турками и передали Габсбургам право наследования венгерского престола, отрекшись от собственного права восставать против власти — права, дарованного им Золотой буллой 1222 г.
Покорность венгерского государственного собрания можно было принять за жест доброй воли и основу для совместного управления новыми владениями Габсбургов как представителями венского двора, так и местных элит, сохранивших значительную часть своих прав на земли, бывшие под турками. Но Леопольд, во многом лично повинный в ухудшении отношений между Габсбургами и Венгрией, так не считал. Из всех многочисленных предложений он выбрал только те, которые имели целью переломить хребет венгерскому парламентаризму, и не шел ни на какие реформы. Вена от своих новых владений ждала в основном денег, чтобы покрыть дефицит бюджета, взмывший до 30 млн. форинтов в результате долгов, наделанных за время войны. Вся полнота власти над новыми территориями была отдана Имперской палате, которая и создала особую «Комиссию по новым приобретениям» (