Испытывая раздражение от того, что считал защитой узкоклассовых привилегий, и приходя в ярость в случаях спорадического вооруженного сопротивления во время переписи, Иосиф после непродолжительных раздумий нанес решительный удар по центрам противостояния его власти — по администрации комитатов. В марте 1785 г. он целиком и полностью упразднил эту систему управления. Вместо нее было объявлено о создании десяти административных округов, каждым из которых должен был управлять назначаемый правительством ишпан, наделенный широким кругом административных, судебных и финансовых полномочий. Все остальные государственные должности также должны были заполняться чиновниками, лично одобряемыми государем и набираемыми из числа его «венгерских слуг», среди которых он еще пользовался относительным авторитетом, хотя даже они считали некоторые из его шагов совершенно необдуманными.
Одновременно с церковной и административной реформами Иосиф II уделял внимание преобразованиям в области сельского хозяйства, стремясь улучшить положение крестьянства и увеличить доход казны. С самого начала своего правления он продолжил политику вмешательства в отношения между помещиком и крепостными крестьянами, которую проводила его мать, но стремился сделать ее более эффективной путем принятия особых мер. Убедившись в поддержке короля, крестьяне Трансильвании, где патент об урбарии вообще еще не нашел применения, осенью 1784 г. восстали против своих помещиков. Это восстание, в котором приняли участие около 30 тыс. земледельцев, в подавляющем большинстве румыны, возглавили Василе Хория (который однажды лично подавал прошение Иосифу II), Ион Клошка и Георге Кришан. Это было самое крупное крестьянское восстание XVIII в. И хотя оно имело также антивенгерскую и антикатолическую направленность, основным его требованием была отмена крепостного права. К концу года восстание было подавлено, двух его главарей казнили и четвертовали (третий, Кришан, покончил с собой в тюрьме), но всех остальных пойманных мятежников оставили в живых. В августе 1785 г. Иосиф II особым патентом отменил крепостную зависимость, предоставив крестьянам право свободного передвижения, свободного выбора рода занятий и неограниченное право распоряжаться своей собственностью. Патент носил более символический характер, поскольку к реальным переменам в материальном положении крестьянства не привел. План реформирования системы налогообложения по проектам физиократов был полностью провален. Патентом от февраля 1789 г. вся земельная собственность в стране облагалась единым налогом: не только крестьянство, но и дворяне были обязаны платить в казну 12,25 % от своих доходов с земли (крестьяне, кроме того, должны были выплачивать своим помещикам еще 17,25 %, но полностью освобождались от бесплатной барщины).
Такое ухудшение материального, а отчасти и социального положения дворянства даже для большей части просвещенного меньшинства представлялось неприемлемым, особенно в то время, когда реформы Иосифа вызвали международный кризис. Параллельно с формированием оппозиции этим реформам в самой Венгрии сопротивление им возникло также в Австрийских Нидерландах (ныне Бельгия), где с 1787 г. приняло формы неприкрытого мятежа. Эта провинция, присоединенная к восточным владениям Габсбургов после войны за Испанское наследство в начале века, с ее территориальной удаленностью и сильными сословно-корпоративными традициями лишь добавила пестроты к и без того лоскутной Габсбургской империи, весьма затруднив попытки управлять ею на основе прозрачных, рациональных принципов, исповедуемых Иосифом II. Планы обменять Австрийские Нидерланды на соседнюю Баварию, однако, провалились из-за сопротивления со стороны Фридриха II. И в довершение всех бед Иосиф, выполняя условия двустороннего договора, заключенного им с императрицей Екатериной Великой в 1781 г., оказался втянутым в войну между Россией и Османской империей, которая разразилась в 1788 г.