Помимо сложностей в международных отношениях, Иштвану, чтобы получить корону, необходимо было отстоять свое право на власть внутри страны. Стремясь унаследовать престол отца, он, по сути, был вынужден пойти на коренные преобразования в самой системе наследования, что на много столетий вперед предопределило ход развития венгерской истории. В Западной Европе к этому времени уже утвердился принцип первородства, который заменил принцип старшинства, в соответствии с которым наследником оказывался не старший сын усопшего, а старший мужчина рода. Когда умер Геза, старшим в роду стал его племянник, Коппань, лидер юго-западной области Шомодь, которую он получил за отказ от престола в пользу Иштвана, достигшего к тому времени совершеннолетия. Тем не менее, Коппань восстал сразу после смерти Гезы в 997 г. Однако решающая битва стала копией типичных сражений с немцами во время последних венгерских набегов: хорошо обученная и вооруженная по последнему слову военной науки тяжелая кавалерия Иштвана, подобно рыцарям Оттона под Аугсбургом, сокрушительным ударом обратила в бегство армию Коппаня. Сам Коппань пал на поле боя. Его тело четвертовали и повесили на воротах четырех замков: Веспрема, Дьёра, Фехервара и Дьюлафехервара — родового замка Дьюлы, дяди Иштвана и правителя Трансильвании.
Дьюла и его «сосед» Айтонь, землевладелец из долины Марош, несомненно, были в числе тех, кто не спешил присоединиться к дружным крикам: «Боже, храни короля!» на церемонии коронации, состоявшейся на Рождество в 1000 г. (либо на Новый год, 1 января 1001 г.). Их владения стали убежищем для всех сторонников старого порядка, при котором уважали кровные узы и чтили языческих богов. Свита Иштвана и его жены баварки Гизеллы казалась этим приверженцам старины чужой и рабской по духу, а латинское бормотание священников — богомерзким кощунством. Ни Дьюла, ни Айтонь не поднимали оружия против Иштвана, удовлетворяясь тем, что в качестве независимых владык могли вести собственную политику, мешая созданию государства нового типа. Их сепаратизм крайне раздражал Иштвана еще и потому, что они вдвоем контролировали производство и транспортировку очень важного для того времени продукта — соли — из Трансильвании, хотя она считалась монополией князей из дома Арпадов. В 1003 г. Иштван лично возглавил войско в походе против Дьюлы, который сдался без боя и впоследствии (возможно, не ранее 1018 г.) помогал королю подчинить Айтоня.
Сразу после коронации, ведя войны за объединение страны, Иштван параллельно начал создавать государственные структуры, необходимые для установления христианской монархии в Венгрии. В подготовке Иштвана к роли правителя основное значение имело его христианское воспитание, которое приучило его к самодисциплине, к умению повелевать и подчиняться, в отличие от отца, который не умел управлять своими страстями. Решительность, смягченная набожностью, превращала Иштвана в истинного