Осознав прямую связь между гибелью Гритти и захватом Славонии, которую в следующем году безуспешно попытался отбить Фердинанд, Запольяи начал понимать, что его собственная привязанность к трону выгодна туркам, и стал свыкаться с мыслью, что страну после его смерти придется передать Габсбургам, имевшим больше возможностей ее защитить. Длительные переговоры между представителями двух королей завершились мирным договором, подписанным в Надьвараде 24 февраля 1538 г., по условиям которого Фердинанд назывался единственным претендентом на трон, а прямые наследники Запольяи должны были получить щедрое вознаграждение. Тогда у Запольяи вообще не было детей. Но в следующем году он женился на Изабелле, дочери польского короля Сигизмунда I, которая в 1540 г. родила ему сына. Уже умирая, король Иоанн взял клятву со своих баронов, что они откажутся исполнять условия Надьварадского мира. Так и вышло — всемогущий советник и последний казначей покойного короля Дьёрдь Мартинуцци («брат Дьёрдь», варадский епископ) добился того, что младенец Янош Жигмонд был избран королем Иоанном II и признан в Блистательной Порте. Напрасно Фердинанд, заботясь о соблюдении условий договора, посылал своих представителей в Трансильванию, а в Буду — в 1540 и 1541 гг. — войска, чтобы захватить город.
Армия Фердинанда, осадившая Буду летом 1541 г., была вынуждена отойти при приближении войск султана Сулеймана, намеревавшегося, по его собственным словам, защитить права малютки-короля. И действительно, пока свиту и младенца развлекали в лагере, солдаты без боя вошли в город 29 августа 1541 г. Через два дня королевский двор покинул Буду и направился в земли, лежащие к востоку от реки Тиса и Трансильвании, отданные королеве Изабелле и ее сыну в управление за ежегодную дань султану. Разделение Венгрии на три части, начатое в 1526 г., теперь было полностью завершено. Уже в период между битвой при Мохаче и падением Буды король Иоанн I прочнее всего удерживал власть над Трансильванией и теми несколькими восточными венгерскими комитатами (Парциумом), которые после 1541 г. оказались под общим управлением и образовали новое государство, Трансильванское княжество, имевшее внешнеполитическую зависимость от Османской империи, но автономное во внутренней политике. Вся остальная часть, номинально управлявшаяся Иоанном, уже до 1541 г. фактически была театром военных действий, где разыгрывалось соперничество между двумя великими державами и где венгерские вооруженные силы играли второстепенную роль. К 1541 г. одна из этих держав, Габсбургская, уже создала в северных и восточных частях страны контуры централизованной администрации, руководимой из Вены. Теперь и Османская империя стала обосновываться в центральных районах, превращая их в свою провинцию.
К тому времени, когда Габсбурги укрепились в Венгрии, в Вене уже была создана целая сеть органов управления, совершенно не зависимая от местных сословий и в значительной степени напоминавшая структуру власти Бургундского герцогства. Она увеличила собой число чиновников-профессионалов, живущих в Вене на получаемое жалованье. Поскольку король Венгрии и Богемии Фердинанд руководил также наследственными австрийскими владениями и правил от имени своего брата Карла V «Священной Римской империей», все его государственные занятия и дела не были строго разграничены по территориальному признаку. Главный его административный орган, Тайный совет, состоявший из немецких и австрийских аристократов, а также из юристов-законников, принимал все основные политические решения, утверждаемые также придворным казначейством. Придворная канцелярия оформляла все эти решения в письменном виде. Ей