Прибыв в Константинополь в начале августа, Феодор и Аарон переправились на азиатский берег и определили свою штаб-квартиру в Никомедии, что стало тяжелой ошибкой. Продолжи они путь на Никею, и у Исаака остался бы только один подступ к ее громадным стенам – через Мраморное море, однако в его распоряжении не имелось судов и завладеть городом ему было бы очень затруднительно. А так, в отсутствие в Никее армейских соединений, город сдался Исааку без борьбы. Обе армии разбили лагеря между двумя городами и стояли без активных действий в течение нескольких недель, но 20 августа завязалось сражение. Тяжелые потери понесли обе стороны, но в конце концов разгромленная армия Михаила в полном беспорядке бежала в Константинополь.
Старому императору не оставалось ничего иного, кроме как начать переговоры. Один-два дня спустя делегация, которую возглавил Михаил Пселл, направилась в расположение лагеря Исаака. Предложение императора было достаточно простым: Исаак спокойно прибывает в Константинополь, где его коронуют как кесаря, и автоматически сменит на троне Михаила после его смерти.
Пселл так описывает прием, который происходил 25 августа:
«Исаак сидел на позолоченном кресле, стоявшем на высоком помосте. Великолепная мантия придавала ему величественный вид; рассеянный взгляд указывал на то, что Исаак погружен в глубочайшие раздумья… Его окружало множество воинов. Там были итальянцы и скифы с Тавра, люди устрашающего обличья в чужеземных одеяниях, свирепо глядящие вкруг себя. У некоторых были выщипаны брови. Некоторые воины имели боевую раскраску… Наконец были бойцы, вооруженные длинными копьями с секирами на плечах».
Какой бы тревожный характер ни носила эта встреча, состоявшаяся беседа оказалась успешной. Исаак заявил, что вполне удовольствуется титулом кесаря на некоторых необременительных для противоположной стороны условиях. Однако тем же вечером из столицы пришло новое известие: государственный переворот, подстрекателем которого выступил патриарх, привел к низложению Михаила и вынудил его искать убежища в соборе Св. Софии.
1 сентября 1057 г. в сопровождении тысяч константинопольцев, переправившихся через Мраморное море, чтобы приветствовать нового правителя, Исаак I Комнин с триумфом вошел в столицу. Михаил VI Стратиотик смог насладиться только одним годом власти. К чести его преемника, Михаил не подвергся ни ослеплению, ни изгнанию. Хватило одного только отречения. Вскоре он умер на правах простого гражданина.
Исаак Комнин взошел на трон Византии, имея только одну сформулированную цель: вернуть империи величие, которое она знала полвека назад. Пселл говорит, что Исаак приступил к работе в тот же вечер, когда вошел во дворец, даже не приняв ванны и не переменив одежды. Он взялся за полномасштабную военную реформу и осуществлял ее с военной целеустремленностью и результативностью. Исаак достаточно быстро навел жесткий порядок в войсках и добился того, чтобы армия вновь стала получать должную финансовую поддержку. Необходимые для этого средства он получил, инициировав программу крупномасштабных земельных конфискаций. Обширные земельные наделы, в недавнее время предоставлявшиеся разного рода фаворитам и приспособленцам, были отобраны без выплаты компенсации.
Но, попытавшись предпринять акции, направленные против церковной собственности, Исаак встретился с куда большими трудностями. К этому времени Михаил Кируларий был уже почти столь же могущественной фигурой, что и сам василевс. А по популярности Михаил даже превосходил последнего. Будучи в значительной степени причастным к низвержению Михаила VI, патриарх ожидал соответствующего признания от императора. Исаак, вполне готовый идти на уступки там, где не имелось прямой угрозы имперским интересам, охотно передал Михаилу управление собором Св. Софии – который до того находился под юрисдикцией государства – и обещал не посягать на патриаршую церковную вотчину. Михаил Кируларий принял на себя такие же обязательства в отношении секулярных дел. Трудность заключалась в том, чтобы точно определить, где проходит водораздел между светской и церковной вотчинами. Тут патриарх имел собственные, очень четкие представления, и, формулируя их, он не постеснялся пригрозить Исааку низложением.
Для императора это было уже слишком. 8 ноября 1058 г. Михаила Кирулария арестовали и отправили в ссылку, однако даже при этих обстоятельствах он отказался сложить с себя полномочия и Исаак был вынужден добиваться вынесения формального постановления о его смещении с поста. Синод предусмотрительно собрали в провинциальном городе. В былые дни Михаил защищался бы с присущей ему энергией, но сейчас это был уже старый человек и такая защита стоила бы ему слишком большого напряжения сил. Еще до вынесения постановления синода Михаил Кируларий умер – причиной смерти послужили приступ крайнего гнева и сокрушенное сердце.