Чтобы прекратить волнения, император Феодосии II созвал собор. Он собрался 8 августа 449 г. в Эфесе. Это был так называемый «разбойничий собор». Александрийский клир, чувствуя расположение к себе Хрисафия и императора, действовал бесцеремонно. В своем обращении к собору император, считая виновником распри Флавиана, потребовал строгого наказания нарушителей церковного мира. Заседание началось бурно. Сторонники Диоскора кричали: «На двое рассеките признающих два естества!» Диоскор настаивал на отлучении Флавиана. Римские легаты протестовали и держали себя также вызывающе. Общее смятение достигло высшей точки, когда на заседание собора ворвался фанатичный монах Варсума, приверженец Диоскора, во главе тысячной толпы монахов, которые стали избивать епископов, сторонников Флавиана. Епископы залезли под столы. У каждого епископа были свои нотарии, которые записывали прения. Нотарии Диоскора переломали пальцы нотариям приверженцев Флавиана и отобрали у них записки. Самого Флавиана бросили наземь, и Диоскор в ярости топтал его ногами. Всем епископам представили чистый лист папируса для подписей. В страхе они подписались — Флавиан был проклят, его отправили в ссылку. Таким образом, используя фанатичных монахов, ипараволанов и воинские части, присланные Хрисафием, Диоскор и Евтихий при помощи грубого насилия одержали полную победу. Флавиан был низложен и замучен. Новым константинопольским патриархом был избран египетский ставленник Анатолий (449–458). Политика Хрисафия торжествовала.
Борьба церковных группировок стала важнейшей проблемой внутренней политики правительства, заслонив собой все остальные вопросы и до крайности обострив положение в городах.
Победа египтян на Эфесском соборе 449 г. оказалась непрочной. Константинопольский клир не мог примириться с нею. В 450 г. придворная интрига свалила Хрисафия. Его падение означало, что возобладало влияние тех столичных кругов, которые, будучи напуганы возвышением Александрии, добивались усиления централизации. И сенат, и масса константинопольских ктиторов, и духовенство временно объединились в стремлении освободиться от засилия египетского клира. К тому же знать была встревожена тем, что народные массы столицы принимали слишком активное участие в религиозных спорах. Укрепление цирковых партий казалось опасным. Было сочтено необходимым снова опереться на готов-ариан, оторванных от населения. Наметился союз придворной клики Пульхерии с готским вождем Аспаром — военачальником, который имел под своим командованием особый отряд, состоявший из наемников-варваров различных племен, а также из византийских солдат и офицеров. С этого времени началось усиление могущества Аспара, приведшее в дальнейшем к возрождению варварской опасности.
Почти одновременно с падением Хрисафия сошел со сцены и Феодосии II, умерший после несчастного случая на охоте. Феодосии II не оставил мужского потомства. Придворная клика и войско Аспара возвели на престол Пульхерию, от которой потребовали, чтобы она выбрала себе мужа. Ей было 52 года. Будучи религиозной ханжой, она дала обет безбрачия, однако, избрала себе мужем (правда, с условием, чтобы тот «пощадил ее девственность») одного из офицеров Аспара, почти неграмотного Маркиана (450–457), разбогатевшего выходца из низов. Пришедшая к власти Пульхерия резко повернула церковную политику византийского двора и решительно высказалась против решений Эфесского собора 449 г. Она встретила поддержку среди владетельных слоев Константинополя. Патриарх Анатолий, изменив своим египетским покровителям, перешел на ее сторону. Константинопольские ктиторы сумели снискать симпатии масс. К тому же политические условия на Балканах изменились — гуннская опасность была временно ликвидирована, завоевательный пыл Аттилы обратился на Запад, Константинопольские собственники пригородных имений, фракийско-македонские и пелопоннесские магнаты снова могли быть спокойными за свои владения.
Опиравшийся на широкие круги константинопольских ктиторов Маркиан стремился изменить в известной мере состав сената. При Феодосии II высшие должности и сенаторские звания фактически продавались. Сенаторское звание было недоступно менее состоятельным лицам также вследствие тяжелых взносов в казну и дорогостоящих повинностей, связанных с занятием почетных должностей. Маркиан значительно снизил требования к сенаторам при выполнении претуры и, кроме того, освободил сенаторов от особого денежного налога. Эти мероприятия облегчили доступ в сенат более широкой прослойке константинопольских ктиторов и ослабили политическое влияние торгово-ростовщической и провинциальной знати, которая при Хрисафии господствовала в сенате.