Однако, если языческая религия подвергалась гонениям, языческое образование, в том числе и античная философия, продолжали активно развиваться и были запрещены лишь в VI в. Это объясняется тем, что христианская догматика, в основном сложившаяся к концу IV в., формировалась под сильным влиянием античной философии, и в первую очередь философии Платона и неоплатонизма. Еще в III в. философско-богословская доктрина крупнейшего основоположника христианского богословия Оригена была разработана под воздействием античных философских систем. Многие видные богословы того времени получили образование в языческой философской школе. Иными словами, если языческая религия становилась одиозной как для нового политического режима, так и для христианских теоретиков, то языческая философия использовалась последними в целях философского обоснования христианской идеологии. Христианские философы, естественно, брали из неоплатонизма только то, что не противоречило основным принципам христианства.
В неоплатонизме IV–VI вв. можно выделить два течения. Одно из них, несравненно более слабое, было представлено в основном александрийской и афинской неоплатоническими школами. Представители его оставались верными духу непримиримости по отношению к христианству и последовательно отстаивали идеи античной философии и языческих верований. Второе, значительно более мощное и влиятельное, отличаясь чрезвычайным эклектизмом, восприняло некоторые элементы христианского учения и представляло собой характерный образец переходного миросозерцания от античной философии к христианству.
Первое из названных направлений в неоплатонизме IV–VI вв. отличалось от неоплатонизма II–III вв. явным преобладанием теологии над спекулятивной философией, тогда как в философии неоплатоников II–III вв. вопросы теологии играли в значительной мере подчиненную роль (такова, например, рационалистическая система Плотина). Основателем первого направления в неоплатонизме IV–VI вв. можно считать Ямвлиха (конец III — начало IV в.), для философской системы которого характерно значительное внимание к теологии. В решении ряда философских проблем Ямвлих явился предшественником многих неоплатоников IV–VI вв., и в первую очередь крупнейшего из них Прокла Диадоха. Особый интерес к теологическим проблемам в философских учениях неоплатоников IV–VI вв. объясняется стремлением философски обосновать языческую религию, создать языческое богословие по образцу и в противовес христианскому богословию.
Говоря о богословском характере неоплатонизма рассматриваемого периода, необходимо в первую очередь отметить философско-богословскую систему императора Юлиана, противопоставленную им христианскому богословию. Свою основную задачу Юлиан видел в философском обосновании языческих культов и мифов. Юлиан считал себя последователем Ямвлиха, основную заслугу которого он усматривал в соединении философии с мифами. В духе Ямвлиха Юлиан признает высшее трансцендентное единство — основу и первопричину всего сущего. Юлиан отождествляет это единство с богом солнца — Гелиосом. Гелиос является центром теистической системы Юлиана, Однако монотеизм в учении Юлиана, так же как и у других неоплатоников, сочетается с языческим пантеизмом. Юлиан признает всех языческих богов, которые, согласно его учению, являются результатом эманации бога Солнца. Различные боги у разных народов отражают, по мнению Юлиана, различия между самими этими народами. Юлиан недаром получил от христианских апологетов прозвище Отступника, он полностью восстановил языческий культ и придавал ему огромное политическое значение. Религиозно-философская доктрина Юлиана тесно связана с его политическими убеждениями. Юлиан был выразителем интересов консервативной знати, связанной с полисным самоуправлением, политическим идеалам которой, как уже говорилось выше, весьма импонировали языческая религия и античная философия, а также основанная на них политическая доктрина, изображающая государство как союз полисов, имеющий праобразом иерархию языческих богов.
Именно так, следуя за Платоном и Дионом, представлял государство и Юлиан.