Михаилу VIII предстояла трудная миссия — убедить греческое духовенство согласиться заключить унию на условиях, выдвинутых папой. Отношения императора с патриархом и высшими иерархами православной церкви были враждебными. За ослепление юного Иоанна IV Ласкариса патриарх Арсений в свое время отлучил императора от церкви и отказывался снять отлучение, несмотря на униженные просьбы Михаила. Последовала тяжелая борьба, стоившая Арсению патриаршего престола27. Лишь при патриархе Иосифе (1266—1275) отлучение с Михаила было снято, но его авторитет был поколеблен и отношения с церковью оставались натянутыми.
Как и опасался император, его речь на соборе перед православным духовенством в защиту церковной унии была встречена патриархом и высшим клиром неприязненно. Не произвели впечатления и приведенные Палеологом аргументы в пользу политической целесообразности союза с латинянами. Большинство собравшихся хранило молчание. Императора поддержали лишь архидиакон Мелитиниот и протоапостоларий Георгий Кипрский. Патриарх Иосиф колебался. Все ждали слова авторитетнейшего хартофилака Иоанна Векка. Тот, после некоторых колебаний, выступил против унии, осудив латинян как еретиков. Михаил VIII в гневе покинул заседание, приказав предать Векка суду. Несмотря на вмешательство патриарха, Векк был схвачен и заключен во Влахернскую тюрьму. Конфликт между императором и церковью достиг небывалой остроты. Ожесточенная распря расколола и греческое духовенство.
Император вместе с Мелитиниотом и Георгием Кипрским составил пространный документ, в котором, ссылаясь на исторические акты и творения отцов церкви, пытался оправдать позицию латинян. Документ был передан патриарху. Тот под энергичным давлением непримиримого монаха Иова Иасита возглавил оппозицию. По поручению Иосифа Иасит при деятельном участии историка Георгия Пахимера составил ответ Михаилу, в котором латиняне проклинались как еретики и всякое общение с ними объявлялось греховным. Церковная оппозиция составила и распространила послание ко всему православному христианству, объявлявшее латинское вероучение еретическим. Такой оборот событий вынудил императора примириться с Векком и использовать все его влияние, чтобы убедить церковников пойти на уступки. Векку было предложено внимательно изучить наследие отцов церкви, в том числе сочинения Никифора Влеммида, известного своими примирительными тенденциями в вопросах вероучения. Векк пошел на соглашение, высказавшись в пользу унии. Его позиция помогла императору добиться отправки миссии к папе.
Однако борьба внутри греческой православной церкви не прекратилась. Напротив, она стала еще более острой, особенно после того, как император решил прибегнуть к террору. Представители духовенства, державшие сторону императора, составили своеобразную присягу в духе унии, текст которой носили в столице по домам. Отказавшихся поставить свою подпись ждали репрессии — опись имущества, огромные штрафы, аресты и ссылки28. Сосланных было множество: их отправляли на острова, в Никею и другие города Малой Азии, в отдаленные монастыри. Многие противники унии были подвергнуты телесным наказаниям и предоставлены глумлению константинопольской толпы.
Историк Пахимер, современник событий, рассказывает о судьбе ученого ритора Мануила Оловола. Незаурядноодаренный, широко по тем временам образованный человек, он вскоре после прихода Михаила VIII к власти жестоко пострадал, будучи приверженцем Иоанна IV Ласкариса. Оловолу отрезали нос и губы, после чего он ушел в монастырь. Позднее, однако, по настоянию патриарха его приблизили к трону и назначили ритором специальных школ, открытых при крупнейших столичных храмах. Поначалу он поддержал императора в вопросе об унии, но вскоре выступил с ее категорическим осуждением, за что был немедленно сослан в Никею, в Иакинфов монастырь. Но и там он не изменил убеждений. Тогда по приказу императора он был привезен в оковах в Константинополь и подвергнут мучительным пыткам. Потом Оловола вместе с десятью другими жертвами императорского произвола связали веревками, обвешали овечьими внутренностями и долго водили по городу, подвергая бесчисленным издевательствам.
Патриарха Иосифа, своего старого друга и духовника, император вынудил переселиться в монастырь Перивлепты. За ним было сохранено право на патриарший престол в том случае, если уния не будет осуществлена.
Между тем византийское посольство в составе бывшего патриарха Германа, митрополита Никеи Феофана, логофета Георгия Акрополита и двух императорских вельмож, Панарета и Верриота, направилось на собор, надеясь на благосклонный прием у папы. Карл Анжуйский был вынужден уступить требованию Григория X и вновь отложить намеченный с Балдуином поход на Византию.