Духовное состояние Византийской империи, открывшееся взору нового монарха, являло не самое приятное зрелище. Религиозный сепаратизм раздробил на части некогда единое церковное и политическое тело. Всё население государства разделилось на партии православных, несториан, ариан, монофизитов, манихеев, монтанистов, иудеев, язычников и представителей множества сект. Сирия и Египет вообще почти не подчинялись центральной власти вследствие её покровительства Халкидону и его сторонникам. В таких непростых условиях, многократно осложнённых тяготами военных действий на Востоке и подготовкой операций на Западе, святой император начал свою деятельность по собиранию Церкви в единое тело.
Общеизвестно, что любая концепция религиозного плюрализма была совершенно чужда св. Юстиниану. Но нередко упускается из виду, что религиозный ригоризм царя никогда не выливался в масштабное административное преследование
Это было вполне естественно, поскольку ни одна из «малых» ересей не была в состоянии существенно повлиять на церковное и политическое единство Империи. Их ложь настолько уже стала общеизвестной, что адептами таких направлений являлись в основном не римляне, а варвары. И административно преследуя, например, ариан, император тем самым попутно превентивно ликвидировал политическую и военную угрозу Империи. Представители старых языческих культов также составляли крайне незначительную долю населения, и поэтому св. Юстиниан считал вполне возможным и оправданным попросту их запретить. Его меры в отношении язычников были тем более уместны, что к таковым относились, главным образом, не сторонники отеческих культов, как раньше, а адепты самых крайних, сатанистских сект. Однако в отношении древних национальных религий, например иудеев, велась довольно умеренная политика.
Как всегда, мотивация императора предельно конкретна и последовательна. В 82-й новелле, изданной в 544 г., царь пишет: