Прежде чем ответить на приглашение императора, папа собрал поместный собор, обсудил на нем вопрос о монофелитстве и приготовил таким образом готовый материал для будущего соборного решения. Вот почему шестой Вселенский собор мог собраться лишь в 680 г. На нем были представители от лица папы, три епископа от имени собравшегося в Риме поместного собора, несколько монахов из греческих монастырей. Римский епископ снабдил своих уполномоченных письмом на имя императора, в котором указал, между прочим, что неблагоприятные обстоятельства, постигшие Западную Церковь, являются причиной того, что ее представители не обладают такой ученостью, как восточные богословы, и что он для руководства им дал подробное догматическое письмо[61]
. Со стороны Восточной Церкви на соборе присутствовали патриархи константинопольский и антиохийский; что касается александрийского и иерусалимского патриархов, от них на соборе были представители. Собор открыт под председательством императора 7 ноября 680 г. в царском дворце, в сводчатой зале, называемой трулл.Собор имел 18 заседаний, и последнее его заседание было 16 сентября 681 г. Большие промежутки между заседаниями были употреблены на подготовку материала и на обсуждение главных положений по спорным вопросам. Уже на первых заседаниях выяснилось, что император стоит на одинаковой точке зрения с представителями папы. Последние начали с того положения, что т. к. монофелиты хотели ввести новшества в воспринятую от святых отцов веру, то на них и лежит обязанность привести доказательства. Но когда антиохийский патриарх Макарий начал ссылаться на тексты в доказательство монофелитской догмы, отцы собора признали эти ссылки частью недоказательными, частью недостаточными, частью, наконец, не соответствующими рукописным данным, хранившимся в патриаршей библиотеке. Макарий оказался главным защитником монофелитского учения и поплатился за свою настойчивость лишением престола и отлучением от Церкви. Выставленные римским епископом Агафоном положения были признаны собором соответствующими апостольскому и отеческому учению и положены в основание соборных определений. Подверглись отлучению четыре константинопольские патриарха, наиболее резко высказывавшиеся против Рима во время религиозных споров: Сергий, Пирр, Павел и Петр. Но, как будто в удовлетворение Восточной Церкви, внесен был в список отлученных и один из римских пап — Гонорий. По вопросу догматическому состоялось следующее определение: Церковь признает во Христе два естества соединенные, но не слитые, и две воли. На будущее время положен строгий запрет на дальнейшие споры об этом догмате под угрозой для лиц духовного сана — извержения, а для мирян — лишения имущества. На последнем заседании император выразил пожелание от имени собора, чтобы подлинный и скрепленный подписями экземпляр деяний препровожден был каждому патриарху. В особом послании к папе Агафону собор выражал ему похвалу как столпу православия, уведомил его о постановлениях соборных и просил оказать им поддержку.
Деяния шестого Вселенского собора имеют важное значение в истории Церкви. Прежде всего на этом соборе восстановлен был мир в Церкви; кроме того, здесь было достигнуто после взаимных уступок соглашение между папой и императором. Римский престол в особенности много выиграл на этом соборе как вследствие авторитетного и влиятельного положения, занятого на соборе папой и представленным им изложением веры, так и теми преимуществами, какие за ним были признаны частью открыто, частью по молчаливому согласию. Так, между прочим, архиепископы Крита, Солуни и Коринфа рассматривались как папские викарии, автокефальность Равенны ограничена была некоторыми условиями; право суда римского престола над восточными епископами признавалось, между прочим, по делу патриарха Макария, которое после соборного решения представлено было на окончательный приговор папы. Возобновление правильных сношений между Римом и Константинополем имело последствием назначение вновь постоянных римских представителей в столице империи. Все эти преимущества получали двойное значение для римского престола, если принять в соображение то обстоятельство, что к концу VII в. лангобардская Италия постепенно переходила от арианства к католичеству.