Старый Иоанн де Бриенн сражался как тигр, защищая свою империю, и венецианские корабли оказали ему в этом неоценимую поддержку; однако спасло Константинополь только то, что Иван Асень передумал: он внезапно осознал, что энергичная греческая империя представляет для Болгарии гораздо более серьезную угрозу, чем ослабленная Латинская, и отменил наступление. Однако почти сразу случилась беда: его столица стала жертвой страшной эпидемии, которая унесла жизни его жены, одного из сыновей и недавно назначенного патриарха. Иван Асень воспринял это как небесный суд и тут же заключил с Ватацем мир. Однако он довольно скоро принялся искать себе новую жену, и его пленник Феодор из Фессалоник каким-то образом сумел убедить его жениться на своей дочери Ирине. Став царским тестем, Феодор был освобожден из плена и вернулся в Фессалоники, где сверг своего брата Мануила и посадил на трон своего сына Иоанна, вернув ему титул императора.
1241 год оказался переломным. Он еще не успел закончиться, а трое из главных действующих лиц уже лежали в могиле: болгарский царь Иван Асень, император Мануил Комнин Дука и папа Григорий IX, один из самых грозных защитников Латинской империи. В том же году монгольская орда хлынула через Венгрию в бассейн Дуная, оставив болгарам мало возможностей предпринимать дальнейшие авантюры на Востоке, и таким образом еще одно некогда грозное государство было практически ликвидировано. Власть Фессалоник уже была сломлена. Латинская империя, состоявшая тогда почти из одного Константинополя, выжила лишь благодаря раздорам между ее врагами. Из этих врагов оставался только один – Никейская империя, чей правитель Иоанн Ватац продолжал подготовку к завоеванию. Ему еще следовало уладить вопрос с Фессалониками. Благочестивый император Иоанн был слабым и лишь номинальным правителем – настоящая власть находилась в руках Феодора, оставшегося таким же честолюбивым, как и прежде; так что именно его Иоанн Ватац пригласил в Никею в 1241 году. Старый Феодор принял приглашение и получил весьма любезный прием; и лишь когда он собрался уезжать, ему вежливо объяснили, что его отъезд, к сожалению, невозможен. Он оставался пленником до следующего лета, когда Ватац сам довез его до Фессалоник и отправил в качестве посла к его сыну, чтобы заключить договор. В результате этих переговоров Иоанн сменил титул императора на титул деспота и признал верховную власть Никеи.
Пока Ватац находился в Фессалониках, в Малую Азию вторглись монголы. В июне 1243 года они нанесли поражение султану Кей-Хосрову II в битве при Кёсе-даге. Императора Трапезунда, который был вассалом султана, постигла такая же участь. К счастью, монголы ушли, оставив после себя разоренный султанат, однако никейские земли остались нетронутыми. Болгарское царство тоже сильно пострадало от этого недавнего вторжения варваров, а смерть в 1246 году Коломана, двенадцатилетнего сына Ивана Асеня, и восшествие на трон его младшего сводного брата Михаила еще больше осложнили обстановку, в которой Ватац воодушевленно планировал добиться успеха. К осени он занял большую часть Северной Македонии и еще стоял в ней лагерем, когда к нему прибыла группа жителей Фессалоник с предложением: если он гарантирует оставить городу его древние права и привилегии, Фессалоники сдадутся без боя. Ватац сразу согласился и в декабре вошел в город, не встретив сопротивления; он выслал старого Феодора и оставил в качестве вице-короля своего дальнего родственника Андроника Палеолога.
Прежде чем сосредоточиться на Константинополе, Ватацу предстояло победить еще одного врага. Примерно за девять лет до того Эпир отделился от Фессалоник и вновь возродился под властью Михаила II, незаконнорожденного сына изначального основателя Эпира Михаила I. Иоанн Ватац не стал на него нападать; вместо этого в 1249 году он заключил с Михаилом договор о дружбе, скрепив его браком между своей внучкой Марией и сыном Михаила Никифором. Все еще не смирившийся с поражением Феодор убедил своего племянника снова взяться за оружие против Никейской империи, но Иоанн Ватац больше не стал рисковать и в начале 1253 года вынудил деспота сдаться. Михаил потерял большие территории, а его сына Никифора увезли ко двору Ватаца в качестве заложника и гаранта хорошего поведения отца в будущем. Что касается старого, слепого, невыносимого Феодора, то его отправили в тюрьму, которой он так заслуживал и в которой окончил свои дни.
Латинская империя утрачивала устойчивость. Уже в 1236 году молодой император Балдуин, которому тогда было девятнадцать лет, поехал в Италию в отчаянной попытке собрать людей и деньги и вернулся на Босфор лишь в начале 1240 года. Из-за острой нехватки ресурсов было принято еще одно решение, серьезно деморализовавшее и греков, и латинян: Венеции отдали в залог самый священный предмет, которым владел Константинополь, – терновый венец, некогда надетый на голову распятого Христа. Император не смог его вернуть, и этой возможностью воспользовался король Франции Людовик IX Святой, построивший для этой реликвии церковь Сент-Шапель.