Правда, собор имел еще шесть заседаний, но главное значение Ефесского собора выразилось в определении первого заседания, которое предстояло защитить и оправдать против разнообразных нападок. Прежде всего Несторий заявил протест против законности собора, ссылаясь на то, что Кирилл действовал самовольно вопреки требованию комита Кандидиана. Затем прибывший вскоре после того Иоанн, епископ Антиохии, с подчиненными епископами с целью поправить дело и в желании помочь Несторию решился составить отдельное заседание собора, в котором было 43 епископа. Само собой разумеется, этот собор был направлен против Кирилла и постановлений его собора. Епископ александрийский лишен епископского сана, а все члены-приспешники его отлучены от Церкви. Вследствие изложенных событий положение дел получило весьма неожиданный и в высшей степени соблазнительный оборот: в Ефесе составились два собора, и оба считали себя православными и имевшими право изрекать запрещения и отлучения от Церкви.
О событиях в Ефесе доносили в Константинополь как императорский представитель комит Кандидиан, так и епископы. Есть все основания думать, что вначале, на основании полученных известий, двор был настроен против Кирилла и его приверженцев. Это видно особенно из послания, отправленного в Константинополь 1 июля 431 г. и имеющего целью оправдать действия Кирилла. «Комит Кандидиан, — говорится в послании, — руководясь больше дружбой к Несторию, а не благочестием, сообщил неправильные известия о ходе дел. Из синодальных актов можно убедиться, что дело Нестория разбиралось беспрестанно, и все о нем точно выяснено. Царю не следует склонять слух к тому, что доносит епископ Иоанн, который более заботится о своем друге, чем о вере, и заставил себя ждать 21 день. По своем прибытии он сейчас же принял сторону Нестория или из дружбы, или разделяя его заблуждения. Т. к. Кандидиан препятствует собору сообщить императору достоверные известия о происшедшем, то да будет благоволено пригласить его вместе с пятью членами собора для устных объяснений». О сравнительной авторитетности того и другого собора в письме излагается, что на стороне Нестория и Иоанна теперь не больше 37 епископов, между тем как на стороне Кирилла и за правильность деяний его собора стоят епископ римский Целестин, и вся африканская Церковь, и более 200 епископов. Т. к. обе партии взаимно обвиняли одна другую и обращались к решению императора, то в конце концов Феодосий решился пригласить в Халкидон представителей от обоих соборов. Но т. к. при дворе составились два течения — одно с августой Пульхерией во главе держалось Кирилла, другое, поддерживаемое сильной партией в Константинополе, было за Нестория и Иоанна, то для императора было весьма нелегко решительно высказаться за ту или другую партию. После долгих колебаний, наконец, Феодосий принял сторону Кирилла александрийского и утвердил определение состоявшегося под его председательством собора.
Весьма вероятно, что на решения императора влияли демонстрации, и шумные сходки, и процессии, устраиваемые на улицах Константинополя толпами народа, подстрекаемыми монашествующими с архимандритом Далматом во главе. Ефесский собор был распущен специальным указом, обращенным на этот раз не ко всем собравшимся епископам и не к обеим партиям, а к собору Кирилла. Между прочим, в этом документе говорится: «Так как вы не можете прийти к соглашению с антиохийцами и вступить с ними в переговоры относительно разделяющих вас мнений, то мы повелеваем восточным епископам возвратиться в свои церкви и закрыть Ефесский собор. Кириллу приказываем отправиться в Александрию, Мемнону оставаться в Ефесе». Кирилл возвратился в Александрию 30 октября 431 г., где был принят с большим почетом. Что касается Нестория, то он подвергся всем последствиям осуждения и отлучения от Церкви. Сначала его заточили в монастырь близ Антиохии, потом он был присужден к изгнанию в отдаленную Петру аравийскую, отсюда переведен в пустыню, в Большой оазис, где попался в плен к кочующим племенам. Будучи выпущен ими на свободу, он умер затем в пределах империи, всеми забытый и оставленный.