Тем более что папа римский Иннокентий VIII в 1489 г. своей буллой «Cum solerti meditatione pensamus» объединил орден каноников (рыцарей) Гроба Господня с орденом рыцарей-госпитальеров Св. Иоанна Иерусалимского, что по идее ставило крест на дальнейшем самостоятельном существовании ордена рыцарей Гроба Господня!
Однако строптивый Мечовский монастырь Гроба Господня в Польше, вопреки папской булле, наотрез отказался объединиться с орденом Св. Иоанна Иерусалимского. А новый папа римский Лев X своим апостольским посланием от 13 марта 1510 г. по просьбе расположенных в Испании монастырей каноников Гроба Господня также восстановил их независимость от ордена госпитальеров Св. Иоанна Иерусалимского, подтвердив свое решение в 1513 г.
В Нидерландах самое престижное, Антверпенское, объединение рыцарей Гроба Господня — так называемое Иерусалимское братство, в состав которого наряду с брабантскими аристократами входило немало испанских грандов, приняло твердое решение объединиться в орден по образцу древнего рыцарского ордена Св. Гроба эпохи Крестовых походов. Восстановленный орден Гроба Господня должен был иметь двойное подчинение: папе римскому — как высшему духовному авторитету и королю Испании — как светскому главе.
26 марта 1558 г. испанский король Филипп II Габсбург был торжественно избран Великим Магистром ордена Св. Гроба — в пику папе римскому, самому претендовавшему на этот титул! Церемония избрания короля гроссмейстером «сепулькриеров» состоялась в церкви Св. Екатерины Александрийской в Хук Страатене. Однако орден под руководством короля Испанского так и не стал международной рыцарской организацией. Этому противились и обозленная римская курия, и французский король, и рыцари-иоанниты (в силу вышеизложенных причин).
Во Франции король Генрих III Валуа в ноябре 1574 г. дал свое согласие на объединение тамошних каноников Св. Гроба с орденом Св. Иоанна, в соответствии с решением Ватикана. Однако многие французские рыцари Гроба Господня отказались выполнить волю папы римского и своего собственного короля! Причем сепулькриеры ссылались на то, что их орден был основан не папой, а предводителем 1-го Крестового похода Готфридом Бульонским (церемониальный меч, использовавшийся французскими сепулькриерами при посвящениях в рыцари Гроба Господня, считался ими — как когда-то иерусалимскими канониками Гроба Господня! — мечом самого Готфрида).
Факт столь вопиющего неподчинения говорил, между прочим, о крайней слабости королевской власти в тогдашней Франции, раздираемой междоусобной войной между католиками и протестантами-кальвинистами, вошедшими в историю под названием гугенотов (это название являлось искажением немецкого слова «айдгеноссен», Eidgenossen — самоназвания швейцарских конфедератов, распространивших во Франции новую веру своего религиозного учителя Жана Кальвина).
Первое французское братство рыцарей Гроба Господня было основано еще в начале XVI в. в Париже. К вступлению в него допускались не только лица дворянского происхождения, но и заплатившие достаточно крупный денежный взнос горожане (причем в орден можно было вступить и по доверенности!).
Так, гражданин Марселя Жан Буазон был посвящен в рыцари Гроба Господня по доверенности за своего друга Франсуа Серей, никогда не совершавшего паломничества в Иерусалим! В 1615 г. группа французских рыцарей Гроба Господня избрала Великим Магистром ордена Шарля де Гонзага, герцога Неверского (ставшего в 1627 г. суверенным герцогом Мантуанским).
Рыцарям папской ветви ордена Гроба Господня Ватикан пожаловал целый ряд привилегий — титул палатина, или пфальцграфа (лат.: comes palatinus), старшинство над членами всех прочих рыцарских орденов, кроме ордена Золотой Шпоры (Золотого Рыцарства) и ордена Золотого Руна; право узаконивать внебрачных детей (!), изменять данные им при крещении имена, миловать осужденных на смерть на пути к эшафоту. Кроме того, папы пожаловали рыцарям «своего» ордена Гроба Господня право присоединять орденский «иерусалимский» крест к своим родовым гербам и именоваться во всех официальных документах рыцарями Св. Гроба Господня.
В 1847 г. папа римский Пий IX даровал латинскому Патриарху Иерусалимскому право посвящать достойных кандидатов в рыцари Св. Гроба от имени папы.
После нескольких предпринимавшихся в дальнейшем (неудачных) попыток преодоления раскола и воссоздания единого ордена Св. Гроба только папе Пию IX удалось в 1868 г. создать стабильное объединение рыцарей Св. Гроба, поставив его под прямое папское управление, и даровать ему статус папского рыцарского ордена Римской Церкви. Этот орден был всецело подчинен римскому папе как верховному главе всех христиан-католиков. С этого момента все члены ордена Св. Гроба Господня стали подразделяться на три класса, или ранга:
1) великих рыцарей;
2) комтуров (командоров);
3) рыцарей.
Эмблемой ордена по-прежнему оставался древний красный «иерусалимский» усиленный крест с четырьмя крестиками поменьше по бокам.