Третий воевода большого полка являлся первым воеводой у «наряда», которому подчинялись два-три дьяка, а также второй и третий воеводы у наряда. В 1549 г. в летописи упоминаются головы у наряда, которых насчитывалось от 6 до 14 человек в рати. Наряд состоял из трех частей: собственно наряд (50—150 орудий) под командованием 3–9 голов, обоз (ядра, порох, пушечный припас) под начальством 2–3 голов, посоха (рабочая сила для дорожных, мостовых работ и для работ при установке орудий) под начальством 1–2 голов.
Для управления начальники имели небольшие медные барабаны, привязанные к седлам. Воевода имел «набат» (большой барабан), в который били сразу восемь человек.
В XVI в. сложились и высшие военные учреждения, которыми были приказы: поместный, разрядный, стрелецкий и пушечный. В поместном приказе велся учет «дачи» поместий. Разрядный приказ ведал учетом служилых людей, прохождением ими службы и составлял расчеты потребных сил и средств для каждого похода. Стрелецкий приказ распоряжался стрельцами и городовыми казаками. Пушечный приказ (первое его упоминание в летописях встречается в 1577 г.) ведал артиллерийскими и инженерными делами; в 1585 г. он именуется пушкарским приказом.
В середине XVI в. была сделана попытка ослабить влияние местничества. В «Приговоре 1550 г.» было записано, чтобы в полках князьям, княжатам, дворянам и детям боярским быть на службе с боярами и воеводами «без места». Этим самым отменялось местничество между рядовыми воинами и рядовых воинов со своими воеводами. Однако местнические счеты между воеводами не упразднялись, был только определен порядок подчинения воевод. Большой воевода командовал большим полком и являлся командующим всей ратью. Первые воеводы остальных полков стояли ниже большого воеводы, т. е. подчинялись ему, но были равноправны между собой и со вторым воеводой большого полка, за исключением воеводы полка левой руки, который стоял ниже, т. е. имел меньшие права, чем воевода полка правой руки. Определением подчиненности местнические споры сокращались, но не упразднялись.
Когда объединялись две рати, то полки соответственно сливались: большой с большим, передовой с передовым и т. д. и назначались соответствующие воеводы.
В командование ратью большой воевода вступал на основании царского наказа, который составлялся в разрядном приказе. В наказе указывались цель и маршрут похода, время и место сборов полков и сборный пункт всей рати, а также мероприятия по материальному обеспечению. Одновременно с наказом воевода получал «разряд», в котором ратные люди и воеводы были расписаны по полкам, стрелецким приказам, наряду и гуляй-городу.
В целом русское войско XVI в. имело четкие формы организации: иерархию командного состава с точным определением подчинения, порядок материального обеспечения и систему управления. Современники иностранцы писали небылицы о русском войске, которое, по их словам, «на поле битвы действует без всякого строя». Извращает историческую правду и картина русского художника С.В. Иванова «Поход москвитян», где изображен беспорядок московской рати на походе.
В XVI в. непрерывно совершенствовались русские оборонительные сооружения как в центре, так и особенно на окраинах государства.
В 1534–1538 гг. в Москве была построена каменная стена с 12 башнями, окружившая посад (Китай-город). Китайгородская стена была ниже Кремлевской стены, имевшей 17 башен, но оказалась лучше приспособленной к пушечной и пищальной стрельбе. В конце XVI в. были еще возведены каменная ограда с башнями на земляном валу для защиты Белого города и земляная ограда с острогом и 36 башнями для обороны Земляного города, включавшего и часть Замоскворечья.
Большое внимание уделялось укреплению границ, особенно южной и западной.
В период правления Ивана IV была усилена древняя Тульская Черта и построена вторая Черта: от Путивля на Рыльск и далее на Новгород-Северский, Орел, Новосиль, Данков, Ряжск, Шацк, Алатырь на Суре. В конце XVI в. была возведена третья Черта, которая состояла из трех линий городов, постепенно углублявшихся в степи: Кромы, Ливны и Елец; Курск, Оскол и Воронеж; Белгород и Валуйки. В 1600 г. был построен Царев-Борисов; Черта подходила к среднему течению Северского Донца. Только за 15 лет, в конце XVI в., линия укреплений продвинулась к югу на 500–600 км.
Черту обороняла засечная стража, которая высылала вперед сторожевые части. Для обороны выставлялось две рати: Украинная (у Новосиля, Мценска, Данкова, Дедилова, Пронска, Тулы и др.) и Береговая (по р. Ока, опираясь на Серпухов, Калугу, Каширу, Коломну).
Служба пограничного войска регламентировалась указами и «Боярским приговором о станичной и сторожевой службе 1571 года».