Главный военный суд был учрежден в конце 1867 г. одновременно с организацией Петербургского и Московского военно-окружных судов. Сибирское и Кавказское отделения Главного военного суда учреждены не были.
Военно-судебный устав допускал создание особых присутствий для рассмотрения важных дел, требующих неотложного наказания, в кассационном порядке. Это присутствие могло быть создано в пунктах, отдаленных от Главного военного суда, распоряжением командующего округом, но с обязательного разрешения царя, которое могло быть испрошено телеграфом.
В состав особого присутствия назначались три человека: Председатель – генерал и два члена суда – штаб-офицера, один из которых должен был назначаться из постоянных членов военно-окружного суда. Кроме того, в состав присутствия входил военный прокурор.
Особые присутствия пользовались правами Главного военного суда, при разрешении дел руководствовались законами мирного времени, но применяли сроки в решении дел, которые были установлены для военного времени (ст.60-62 Военно-судебного устава).
Одно из отделений Главного военного суда именовалось Верховным кассационным судом, который рассматривал дела по кассационным протестам Главного военного прокурора и жалобам заинтересованных лиц на приговоры военно-окружных судов.
Кассационными поводами в то время являлись: нарушение либо неправильное истолкование уголовного закона при квалификации преступления или назначении наказания; существенное нарушение порядка судопроизводства; выход суда за пределы своих полномочий. Если ошибка в применении закона не повлекла назначения несправедливого наказания, это не считалось основанием для протеста или жалобы.
Осужденный, его защитник и потерпевший не вызывались в судебное заседание, но вправе были не только присутствовать, но и выступать с пояснениями. Участие Главного военного прокурора или его заместителя являлось обязательным.
В начале кассационного заседания он давал предварительное заключение, затем член суда докладывал обстоятельства дела и суть кассационного протеста или жалобы, после чего прокурор делал окончательное заключение.
Присутствующие заинтересованные лица могли с разрешения председательствующего дать пояснения. В заседании кассационного суда принимали участие не менее трех членов суда, решение принималось по большинству голосов. Если по тому или иному вопросу голоса разделились поровну, решение принималось наиболее благоприятствующее осужденному.
Решение по делу объявлялось председательствующим в зале суда.
Если приговор отменялся, дело для повторного рассмотрения передавалось в другой военный суд или в тот же суд, но в ином составе судей.
При повторном рассмотрении наказание осужденному могло быть увеличено лишь в том случае, если имелся протест прокурора на мягкость наказания или открылись новые обстоятельства, свидетельствующие о совершении им еще и другого преступления или существенно отягчающие его вину. Жалобы и протесты на решения Главного военного суда не допускались. Они обращались к исполнению немедленно и публиковались в открытой печати «во всеобщее сведение».
Главный военный суд обладал широкими нормативно определенными полномочиями по руководству нижестоящими военными судами.
Он следил за точным и единообразным применением всеми военными судами закона, давал руководящие разъяснения по применению действующего законодательства на основе обобщения судебной практики.
Осуществляя надзор за военными судами, Главный военный суд был вправе объявить «за недостатки и упущения в судебной работе» порицания, замечания и выговоры всему составу проверяемого военного суда либо конкретному судье. Такими же полномочиями он обладал и в отношении военных следователей и кандидатов на судебные должности.
Удаление от должности (увольнение) председателей и членов военно-окружных судов могло последовать только по постановлению Главного военного суда.
В соответствии со ст. 164 Военно-судебного устава при военных судах создавалась военная прокуратура для «наблюдения за охранением законов». Прокурорский надзор осуществляли Главный военный прокурор (имевший двух заместителей), военные прокуроры и их помощники.
Военные прокуроры состояли при военно-окружных судах, а Главный военный прокурор при Главном военном суде.
Организация военной прокуратуры происходила одновременно и тем же порядком, что и военных судов.
Все чиновники военной прокуратуры назначались царем и военным министром (ст.140,147,149 устава).
Главная военная прокуратура была организована вместе с учреждением Главного военного суда в конце 1867 г. в составе Главного военного прокурора и двух его заместителей, которые были назначены на должности приказом царя от 1 сентября 1867 г.
Военные прокуроры в своей деятельности не были подчинены военным судам, они осуществляли надзор за соблюдением законодательства при рассмотрении дел военными судами и не имели права надзора за действиями военных начальников и других военнослужащих (ст. 164 устава).