В главной квартире распространился панический ужас. Было решено начать сосредоточение армии назад к Веймару и Йене; главные силы должны были собраться у Веймара, войска Гогенлоэ — у Йены. Правый берег Заалы был совершенно очищен, до последнего человека, так что прервалось всякое соприкосновение с противником. Переходы через Заалу остались незанятыми, и в самом войске с 11 октября, в послеобеденное время, возник страшный переполох из-за одного только слуха о приближении французов. Официальное донесение излагает почти невероятные подробности. Орудия и зарядные ящики ехали до такой степени сплошной массой, что боковые дороги были как бы забаррикадированы. Саксонская артиллерия снялась с передков против Йены. Мучимые голодом саксонские солдаты бросали винтовки и прятались в домах. Надо было пороть солдат, чтобы заставить их растащить орудия и повозки. Прусские солдаты грабили саксонское, и саксонские солдаты — прусское имущество. За городом все дороги и броды были усеяны брошенными винтовками, штыками, сумками, в канавах торчали опрокинутые, оставленные прислугой орудия. «Подобное событие вряд ли можно найти на всем протяжении военной истории», — говорит официальный историк.
Скучившись, как стадо дрожащих баранов, стояла славная прусско-саксонская действующая армия вокруг Веймара и Йены. Еще была возможность перейти через Заалу и ударить во фланг врагу, но на это не было ни сил, ни мужества, ни охоты. Наоборот, Наполеон прекрасно понимал положение: как ни низко расценивал он пруссаков, он все же несколько переоценивал их, предполагая, что они могут преградить ему дорогу на Лейпциг, и он решил немедленно закрыть им дорогу на Берлин. Он приказал своим колоннам сделать большое захождение налево и занять фронт против Заалы; 12 октября, когда прусско-саксонское войско пребывало в тупом бездействии, французские войска уже заняли Наумбург и расположились в тылу врага.
Тогда герцог Брауншвейгский снова приготовился ретироваться, кончено, после долгого военного совещания и потери времени, ставшей роковой для него. Он велел отступить через Унструт на Мерзебург, чтобы освободить свой тыл, объединиться с резервным корпусом герцога Вюртембергского и принять решительную битву на равнине между Заалой и Эльбой. Из этого, конечно, ничего бы не вышло, если бы даже ему и удалось выполнить свое намерение. Но он уже не мог его выполнить.
Он хотел сначала отступить с главными силами; Гогенлоэ должен был остаться у Йены, а Рюхель — у Веймара, чтобы прикрыть отступление; затем они также должны были отойти, избегая всякого столкновения с врагом. Единственная возможность успеха была обусловлена величайшей поспешностью; если бы 13 октября выступили в 3 часа утра и к 9 достигли бы Ауэрштедта, то дорога могла бы еще быть свободной. Но герцог счел необходимым, по своей привычке, разболтать о своем намерении всему свету; генерал Шметтау, также хотел переждать свою ночную испарину и не хотел подниматься слишком рано, опасаясь свежего утреннего воздуха. Лишь в полдень выступили 5 дивизий главных сил; лишь к вечеру и частью даже к ночи подошли войска к Ауэрштедту, где голодные и озябшие расположились в ожидании рассвета.
В это время французское наступление на прусско-саксонские войска Гогенлоэ было уже в полном разгаре. Наполеон предполагал назначить 13 октября дневку для своих солдат, в течение недели непрерывно находившихся в походе; но как только он услышал о предпринятом Брауншвейгом отступлении — кажется, что он получал сообщения из вражеского лагеря через своих шпионов, так как он знал об этом уже в 9 часов утра 13 октября, находясь в Гере, — он приказал сосредоточить под Йеной крупные силы и сам поспешил туда. Верная добыча не должна была ускользнуть из его железного кулака ни на один день. Он нашел свои войска уже на другом берегу Заалы, переходы через которую остались без защиты; город Йена был в их власти, и они даже поднялись на Ландграфенберг, где перед ними открывалось плоскогорье с расположившимися на нем лагерем войсками Гогенлоэ. Главная квартира Гогенлоэ помещалась в Капеллендорфе, на половине дороги из Йены в Веймар; в этот день ему пришлось подавить голодный бунт в саксонских войсках; когда это ему удалось, он, кажется, вообразил, что привел в порядок свое войско, которое как в военном отношении, так и в моральном давно уже было дезорганизовано. Он вызвал добровольцев на фронт для рекогносцировки, и, несмотря на то, что увидел французов на Ландграфенберге в таком незначительном количестве, что их можно было сбросить оттуда небольшим усилием, он был настолько беззаботен, что в полном спокойствии вернулся в Капеллендорф и лег вздремнуть.