Как ни была комиссия проникнута воззрением, что в войне являются решающими не только физические, но и моральные силы, она все же не могла отказаться от изнуряющей дисциплины, которая и теперь неотделима от постоянного войска; она создала солдат второго класса — штрафные роты для совершенно неисправимых субъектов, которых здесь и впредь могли подвергать телесным наказаниям. Но это еще самое меньшее зло, которое она допустила; значительно хуже то, что сам Гнейзенау провел вопреки возражениям генерал-аудитора Кренена, право офицеров в случае неповиновения их приказаниям убивать непокорных солдат на месте; самым худшим было введение наказаний лишением свободы, которые по существу, сводясь к пыткам, мало отличались от существовавших до сих пор телесных наказаний. О строгом аресте, который не являлся самым жестоким из новых наказаний, старый Циглер при всем своем почтении к прусской дисциплине говорил еще в 1872 г. в рейхстаге, что такого утонченного наказания он не встречал ни разу в своде военных законов (corpus iuris militaris) 1712 г., хотя там много говорилось о расстрелах из лука, из винтовок и о шпицрутенах. Военные реформаторы, таким образом, крепко придерживались системы муштрующей дисциплины, и их борьба с телесными наказаниями в войсках, как горячо и убежденно она ни проводилась, привела лишь к тому, что с публичных рынков и улиц палка перешла в тайники казармы.
С отказом от найма чужеземных солдат разбился один из столпов старо-прусского войска. Другой — кантонную систему со всеми изъятиями из нее — военные реформаторы хотели заменить всеобщей воинской повинностью на широкой основе. Однако они натолкнулись при этом на сильнейшее сопротивление короля и старопрусских формалистов, да и само дело, по существу своему, представляло большие трудности. До сих пор военная служба была пожизненной и прекращалась лишь смертью или же полной инвалидностью солдата; лишь для кантонно-обязанных коренных жителей выработался обычай, по которому она ограничивалась 20-летним сроком. Система отпускных, во всяком случае, значительно сокращала это время; свеженабранные кантонисты должны были отбывать в строю так называемые экзерциции: с самого начала своего обучения — 3 месяца и затем по 1 месяцу в течение каждого года, в общем же всего 22 месяца. Шарнгорст хотел сократить общий срок службы до 6 лет, но и в этом случае имевшихся в распоряжении кадров, которыми приходилось ограничиваться вследствие финансовой нужды, было отнюдь недостаточно для того, чтобы вести обучение кантоннообязанных жителей, не говоря уже обо всем населении, способном носить оружие; к этому еще присоединялось непобедимое отвращение классов, которым есть что терять, к презренной военной службе.
Таким образом, Шарнгорст пришел к мысли разделить все военнообязанное население на две группы, из которых первая была предназначена для пополнения постоянного войска, другая же — для вступления в провинциальные отряды, как он называл тогда милицию. В постоянное войско должны были вступать все, кто не мог в течение всего военного времени сам себя содержать, одевать и вооружать, в провинциальные же войска — все, кто имел для этого возможность. Для военного обучения в провинциальных войсках предназначено было 8 недель с начала службы и затем по 4 недели ежегодно; эти военные команды должны были принимать участие в выборах своих младших офицеров. В мирное время провинциальные войска должны были нести преимущественно гарнизонную службу, давая этим постоянному войску большую возможность несения службы в открытом поле и обучения стрельбе в цель; в военное же время они должны были в первую очередь употребляться на защиту своей провинции, но также и за пределами ее, когда дело касалось защиты всей монархии. При этом комиссия обратила внимание на постановку военного образования уже в школах, устранив кадетские корпуса, о которых комиссия и слышать не хотела, считая их рассадниками дворянского сословного высокомерия.
Этот первый опыт введения всеобщей воинской повинности совершенно не удался, хотя реорганизационная комиссия единогласно высказалась за него. Противился не только король со своей корпорационно-сословной точки зрения, но также и часть буржуазных реформаторов, видевших во всеобщей повинности могилу культуры. Такие люди, как Альтенштейн и Нибур, высказывались против нее с большой резкостью, и даже сам Штейн ей не совсем сочувствовал. Правда, он склонялся к тому, чтобы отменить освобождение от воинской повинности, поскольку оно распространялось без различия на целые провинции и города, но не соглашался на это в отношении отдельных профессий, что как раз исключало из войска образованные элементы населения.