В 80-х годах XVI в. Ода овладел уже половиной провинций страны, включая столицу Киото, и провел ряд реформ, направленных на ликвидацию политической и экономической раздробленности, на развитие городов и торговли, но под верховным контролем власти (в частности, в 1568 г. был лишен своей автономии торговый город Сакаи). После убийства Ода в 1582 г. власть попала в руки его помощника Тоётоми Хидэёси, выходца из крестьян. Хидэёси сумел завершить дело объединения страны и даже лелеял мечту расширить свою власть за счет завоеваний на континенте. Неудачи экспедиции в Корею похоронили эти мечты. Однако внутренние реформы дали немалый эффект. Была усилена централизованная власть, укреплен контроль за городами и торговлей, уделено внимание земельной реформе, целью которой было закрепить земли за крестьянами, способными исправно платить налоги в казну государства. В отличие от Ода новый правитель выступил против чрезмерно усилившихся, по его мнению, иезуитов и вообще христиан. В 1587 г. он даже издал было указ об изгнании иностранных миссионеров, португальцев и испанцев, и организовал преследование японцев-христиан, включая уничтожение церквей и издававших церковную литературу типографий. Но успеха это не дало, ибо преследуемые укрывались под надежной защитой принявших христианство мятежных южных даймё. После смерти Тоетоми Хидэёси в 1598 г. власть оказалась в руках одного из его сподвижников Токугава Изясу, который сумел одолеть соперников и в 1603 г. провозгласил себя сёгуном. Началась длительная эпоха нового, третьего по счету после Минамото и Асикага, сёгуната, токугавского, продолжавшегося вплоть до реставрации 1867 г., «Мэйдзи исин».
В классической формуле «начал, продолжил, завершил», обычно относимой к оценке деятельности всех трех выдающихся объединителей страны в XVI в., на долю Токугава Иэясу приходится заключительная фаза. Суровой рукой окончательно покорив всех мятежных даймё и объединив страну под своей властью, дом Токугава и прежде всего сам Иэясу приступили к серии реформ, направленных на закрепление успеха. Даймё, которых к тому времени насчитывалось около 200, сохранили некоторые традиционные права, включая суд и административную власть в пределах своего владения, при них остались и их самураи, находившиеся в основном на натуральном довольствии. Однако за это они не только должны были признать авторитет сёгуна, но и в знак этого признания каждый второй год вместе с семьей, челядью и даже частью дружины проводить в специально построенной для этого дворцовой усадьбе в Киото. Это своего рода заложничество сыграло важную роль в укреплении власти центра. Кроме того, дом Токугава позаботился о том, чтобы враждебные ему даймё (посторонние – в отличие от тех, кто был родней или вассалом сёгуна), именовавшиеся тодзама, не проживали компактно, но были бы территориально оторваны друг от друга. Ремесло и торговля в тех городах, где прежде осуществляли свою юрисдикцию даймё, были переданы в подчинение центру вместе с самими городами. Все это значительно подорвало могущество князей и укрепило власть сёгунов, т. е. государства.
Иэясу провел и аграрную реформу, еще раз закрепив крестьян за их землями. Он же строго разграничил сословия (самураи, крестьяне, ремесленники, торговцы) и наладил систему полицейского надзора в стране. Выступив против католической церкви, закрыв порты и вообще изолировав Японию от внешнего мира, Токугава вместе с тем не стоял за строгую и полную изоляцию. Сёгуны, видимо, понимали, что при контролируемых контактах связи с европейцами могут дать стране немало пользы. В частности, среди других европейцев были выделены голландцы: вся шедшая в Японию через посредство голландских купцов европейская наука и культура (ее именовали голландской наукой, рангакуся), особенно книги, оказывали немалое воздействие на японцев, привыкших перенимать все полезное у других. Известно, что ученые, последователи рангакуся из числа хорошо образованных японцев, уже в XVIII в. активно и вполне осознанно использовали данные европейской науки для совершенствования экономики страны.