Большое внимание было уделено организации центральной администрации. Во главе империи в качестве ближайших помощников императора стояли два министра, один из которых (Ли Сы) играл главную роль. Этим министрам подчинялось несколько центральных ведомств, имевших соответствующие подразделения в областях. Так, главе военного ведомства подчинялись военачальники областей и большой штат чиновников центрального аппарата, организованных в отделы и департаменты. Примерно такой же была и структура других ведомств – финансов, царско-государственного хозяйства, судебное, обрядовое и некоторые другие, включая верховную прокуратуру, осуществлявшую централизованный надзор за всеми ведомствами и личным составом аппарата администрации по всей стране. В областях административный аппарат имел, таким образом, двойное подчинение – губернатору и соответствующему ведомству центра. При этом, однако, наиболее видное положение среди областных чиновников занимал – после губернатора – военный начальник. Все упомянутые чиновники и все лица, стоявшие ниже их, строго различались своим местом в системе не только должностей, но и рангов. Существовало 20 рангов, первые 8 из которых могли иметь простолюдины, получавшие их в зависимости от возраста, социально-семейного положения и заслуг (в какой-то мере это соответствовало традиционной ранговой структуре в общинах), а также путем покупки или в награду. Остальные, вплоть до самых высших, 19–20-го, обладателей которых в империи насчитывались единицы, были чиновничьими рангами, дававшимися за службу и заслуги.
В строгом соответствии с принципами легизма была до предела централизована редистрибутивная система империи. Все многочисленные чиновники, вплоть до самых высших, получали за свой труд твердо фиксированное жалованье из государственных хранилищ, чаще всего натурой, в виде определенного и зависевшего от должности и ранга количества зерна. Лишь считанные представители 19–20-го рангов имели право на кормления, т.е. на взимание налогов с крестьян определенной пожалованной им в условное владение территории, но при этом административной власти в рамках этой территории они не имели, их права там ограничивались взиманием налогового сбора. Строго централизовано и хорошо организована была и система разнообразных и весьма тяжелых государственных повинностей, будь то гигантские строительные работы, обязанность снабжать арию, возить продовольствие и снаряжение, участвовать в общественных работах на местах и т.п. Была также реорганизована и унифицирована система мер и весов, создана общеимперская упрощенная система письма, на всю страну распространен учрежденный еще Шан Яном принцип круговой поруки. Этот последний приобрел даже более расширенное толкование, чем прежде: он касался теперь не только крестьян, но также и рекомендовавших кого-либо на должность чиновников, что ограничивало непотизм, т.е. стремление пристроить к выгодному месту бездарного и неспособного родича или приятеля.
Руководство империи не выступило резко против частных собственников. В отличие от Шан Яна, Ли Сы понимал неизбежность и неотвратимость их появления, но делал при этом все, чтобы ограничить поле их деятельности и взять их под строгий контроль центра. Была унифицирована монета, выплавка которой стала государственной монополией, разрешены откуп от повинностей, подчас и наказаний, а также покупка рангов, дабы лишние доходы собственников текли в казну. Часть наиболее зажиточных торговцев была переселена с их родных мест; крупные откупщики, занимавшиеся солеварением, железоплавильным делом и иными промыслами, находились под контролем власти. Кроме того, государство содержало сеть больших казенных мастерских, на которых в порядке отбывания повинностей либо по приговорам суда (государственное рабство преступников), а также по найму работали ремесленники, в том числе и владельцы частных мастерских. На крупных частных предприятиях работал примерно тот же контингент – ремесленники, наемники, рабы различных категорий, включая и долговых, кабальных.
Весьма жесткой была система легистского законодательства, вплоть до уничтожения всех родственников преступника по трем линиям родства – отца, матери и жены – за особо тяжкие преступления. За менее тяжкие грозило физическое калечение либо государственное рабство.