Очень тяжелые последствия имела другая мера, которую предпринял тогда Север. Он распустил после разоружения преторианскую гвардию, которая состояла почти полностью из италиков и небольшой части римских граждан из Испании, Македонии и Норила, и заменил ее новым формированием, численностью вдвое больше, то есть в 15 000 человек. Эта новая гвардия была вновь сформирована не из личного состава всего войска, как сообщает Кассий Дион, а из представителей дунайской армии. И здесь не были приняты во внимание последствия этой реорганизации. Внешне иллирийские войска занимали ключевые позиции власти в Риме, а на самом деле — гораздо больше. Так как их функции ограничивались рамками римского войска, преторианская гвардия одновременно была своего рода военной школой римской армии. Из нее вышли центурионы и штабные офицеры, иллирийские генералы и императоры 3 в.н.э.
Несмотря на быструю победу над Дидием Юлианом, Септимию Северу предстояли решающие столкновения. Во Фракии и на морских границах начались тяжелые сражения против сторонников Песцения Нигра, которому симпатизировали многие даже в Риме. Северу нужно было обезопасить африканские провинции, и он попытался нейтрализовать по крайней мере Египет, чтобы не подвергать риску обеспечение Италии зерном. Наконец, ему нужно было вывести из игры британского соперника Клодия Альбина, конкурента, который, что характерно, тоже происходил из Северной Африки, из Гадрумета; он располагал, правда, только тремя боеспособными легионами, но, с другой стороны, и многочисленными вспомогательными войсками. Быстро и уверенно Септимий Север взял в свои руки инициативу во всех этих зонах опасности. Большим успехом было то, что он сумел успокоить Клодия Альбина, произведя его в Цезари.
Важнейшие решения тем временем нужно было принимать в районе морских границ и в Малой Азии. Римские военные соединения дунайской армии заблаговременно продвинулись на юго-восток, сам Септимий Север после одномесячного пребывания в Риме направился на Восток, перед Перинфом наступление легатов Нигра захлебнулось, Византий был окружен войсками дунайской армии, однако взять они его не смогли. После тяжелых сражений у Кизика и Никеи разгромленные войска Нигра оставили Малую Азию, а уже весной 194 г.н.э. армия Септимия Севера стояла у ворот Киликии. У Иссы, в районе поля битвы Александра Великого и Дария, и на этот раз произошло решающее сражение. Войска Нигра снова были разбиты, а сам он погиб при бегстве.
Только последний бастион побежденной армии Византия, оказывал безнадежное сопротивление. Только в конце 195 г.н.э. изголодавшийся город капитулировал. Он был разграблен, стены разрушены. На какое-то время его область была присоединена к Перинфу. На Востоке Септимий Север не встретил больше никакого сопротивления. Относительно короткая, но катастрофическая для некоторых городов гражданская война закончилась. На общины, поддерживавшие Нигра, была наложена тяжелая контрибуция, с другой стороны, Лаодикее, которая после выступления Септимия Севера была разграблена и разрушена кавалерией Нигра, было оказано покровительство. Город получил не только большое денежное пособие, италийское право и название Септимия; сама Антиохия, столица провинции и последний центр Нигра, была подчинена ему.
Эта расплата должна была неизбежно привести к новым сражениям на севере Месопотамии. Так как, с одной стороны, арабские соседние племена сначала были заодно с Нигером, однако тогда была занята римская территория и осажден Нисибин, с другой стороны, приверженцы Нигра в большом количестве бежали через Евфрат. Поэтому весной 195 г.н.э. войска Септимия Севера перешли Евфрат, сняли блокаду с Нисибина и продвинулись до Тигра и земель Адиабены. Так как парфянский царь не смог предоставить достойной упоминания поддержки, его вассалы были разбиты; Септимий Север отметил этот успех принятием победных имен Аравийский и Адиабенский. К этому добавились новые императорские провозглашения и присвоение титула мать лагерей императрице Юлии Домне (о личности второй жены Септимия Севера подробнее будет рассказано далее). Тогда как в Риме и на Западе ожидали продолжения этого успешного наступления в стиле Траяна, Север удивил Империю резкой сменой курса.
Если сначала Септимий Север тесно примыкал к Пертинаксу, теперь он объявил себя «сыном божественного Марка» и дал своему семилетнему сыну Бассиану (Каракалла) имя Марк Аврелий Антонин. Это привело прежде всего к разрыву с Клодием Альбином. Хронология событий тех месяцев недостоверна, взаимодействие акций и реакций однозначно реконструировать невозможно. Известно только, что Клодий Альбин стал тем временем сборным пунктом оппозиции против Севера и носителем ее надежд, предположительно он начал также подготовку к вторжению в Галлию, когда Септимий Север прервал поход и весной 196 г.н.э. повел свою армию против соперника. В Виминации Каракалла был возвышен до Цезаря; совершенно очевидным явилось последовательное установление новой династии.