В. М. Жирмунский, наоборот, указывает, что все достоверные гипотезы об исторических прототипах ведут к XV–XVIII вв., когда киргизы были тесно связаны с казахами и другими среднеазиатскими народами и вместе с ними участвовали в войнах против калмыков. Упоминаемые в эпосе враги Манаса могут быть сопоставлены с ойратскими вождями; причем, Конурбай (Хонгор) оказывается одновременно важнейшим персонажем как киргизского, так и калмыцкого (ойратского) эпоса, только с противоположной оценкой. Некоторые имена и эпизоды перекликаются в киргизском и казахском эпосе и относятся к так называемому ногайлинскому циклу, о котором речь будет ниже. Таковы богатыри Эр-Кекче, Кошой, Джамгырчи (Ямгурчи), Джанбай, Агыш, а также Каныкей — главная жена Манаса (в истории — дочь Темира, ставшая пленницей Едигея). Наконец, и сам Манас часто рассматривается как ногайский богатырь (внук хана Ногоя, представитель племени сары-ногай и т. п.). В персидском источнике, так называемом «Сборнике летописей», восходящем к XVI в., он фигурирует в роли военачальника Тохтамыша, т. е. как персонаж ногайлинского цикла. Там нет Конурбая, а основной враг Манаса — Джолой, имя которого неизвестно за пределами эпопеи о Манасе. «Великий поход» в Китай в этом источнике также не упоминается, что дает В. М. Жирмунскому основание не считать данный сюжет ядром эпопеи. Не исключено, однако, что представление о китайцах и в киргизском эпосе перекрыло средневековых киданей (кытаев), которые в X в. разбили енисейских киргизов и, может быть, увлекли часть киргизов в Среднюю Азию. Не является ли эпический Джолой эпонимом упоминаемой в Гэсэриаде страны киданей Джало? Как бы ни были решены вопросы об исторических реалиях в «Манасе», чисто исторические предания — лишь один из источников эпопеи.
А. Н. Бернштам и В. М. Жирмунский допускают влияние на эпос о Манасе сказаний об Огуз-Кагане — тюркском легендарном первопредке и первом правителе, в том числе влияние позднейших версий, содержащих идеи мусульманского мессианизма. Эти идеи, связанные преимущественно с образом побратима Манаса — принявшего мусульманство катайца Алмамбета, не отразившиеся и в персидском источнике XVI в. (где нет Алмамбета), неглубоко проникли в эпическую ткань, так как киргизы исламизировались поздно и поверхностно. М. Ауэзов считает, что в «Манасе» использованы поминальные плачи кошок и бытовые песни-завещания керез; он даже сопоставляет кошоки и керез в «Манасе» с древними орхоно-енисейскими эпитафиями. Источником «Манаса» являются и богатырские поэмы сказочного характера о борьбе с чудовищами, о добывании невест и т. п. Традиция архаической полусказочной эпики сказывается в песнях о рождении и героическом детстве Манаса и отчасти о его подвигах богатырского сватовства. Однако первый подвиг — уже не победа над фантастическим чудовищем, а убийство их врагов калмыков. В истории сватовства Манаса к дочери Темира — прекрасной Каныкей имеются только следы архаического единоборства с богатырской девой. Она проявляет не столько силу, сколько строптивость, желание противостоять необузданному жениху, который во время сватовства начинает разрушать ее город и убивать жителей. Каныкей — не далекая «суженая», а знатная красавица, за которую уплачивается несметный калым.
В отличие от алтайского эпоса в «Манасе», так же как и в «Джангаре», на первый план выступает воинская героика. Хотя среди врагов наряду с богатырями-воинами (батыры) и силачами (балбаны) фигурируют чудовища-великаны (доо) и колдуны (аяры), но бороться с этими существами должен побратим Манаса — Алмамбет. Сам же Манас и киргизские богатыри (в «Манасе» упоминается эпическое число его дружинников — 40 чоро) сражаются только как воины. Из числа противников Манаса наиболее архаический, гиперболически сказочный облик у Джолоя — великана и обжоры. Это не случайно, так как Джолой, по-видимому (судя, в частности, по его роли в персидском пересказе XVI в.), относится к древнему слою эпоса о Манасе.
Манас — не искоренитель «зол» на земле, как Гэсэр, а собиратель и объединитель киргизского народа. Под влиянием ногайлинского эпоса, популярного у других тюркских племен, Манас воспринимался как наследник ногайцев. У Сыгмбая Орозбакова он — внук Ногой-хана, вернувшийся после сибирского «изгнания» и временного подчинения калмыкам на среднеазиатскую родину, возродивший государство киргизов со столицей в Таласе. Как собиратель киргизских племен Манас борется с феодальным сепаратизмом своих родичей, а как завоеватель — с покоренными ханами. Окалмычившиеся дядья и двоюродные братья Манаса захватывают власть в Таласе, превратив Каныкей и ее детей в рабов (так называемый «заговор Кезкаманов»). Но Каныкей исцеляет раненого мужа, и Манас восстанавливает свою власть. Перед походом против Манаса восстают ханы — главы племен, которых Манас, однако, побеждает.