Венецианская республика пригласила его на почетную должность руководителя капеллы в соборе св. Марка. Многое изменилось в жизни и обязанностях Монтеверди. Вместо зависимого положения, придворного слуги он обрел преимущества первого музыканта в республике, главы лучшего музыкального коллектива, высокоавторитетного, с наилучшими традициями. Вместо многочисленных обязанностей на службе у Гонзага работу, сосредоточенную на вполне определенных задачах. И если Монтеверди, возможно, порою тяготился необходимостью писать много музыки к церковным праздникам, он находил время и для создания крупных светских сочинений, а главное, чувствовал себя гораздо более свободно и независимо во всех отношениях, не испытывая к тому же материальных трудностей, как в былые мантуанские годы.
Общественная жизнь Венеции была, как известно, оживленной, красочной, открытой. Венецианская музыкальная школа славилась своими концертно-колористическими достижениями даже в духовных жанрах. Церковные службы и процессии отличались пышностью и бывали многолюдны. В домах знати устраивались богатые празднества с участием музыки, ставились музыкальные спектакли. Пока не было оперного театра, Монтеверди имел возможность, например, поставить в доме знатного венецианского мецената Джироламо Мочениго сцену «Поединок Танкреда и Клоринды» (1624) и музыкальную драму «Похищенная Прозерпина» (1630). Помимо всего прочего композитор получал заказы на сочинение опер и иных сценических произведений для других городов — более всего Мантуи, а также Пармы и Болоньи.
Отношения Монтеверди с Мантуей не прерывались после его переезда в Венецию, хотя приобрели весьма своеобразный характер. С 1615 по 1627 год композитор сочинил для мантуанского двора балет «Тирсис и Хлора», ряд интермедий (в частности, к пасторали Тассо «Аминта»), работал над операми «Андромеда», «Мнимая сумасшедшая». До 1634 года длилась дружеская переписка Монтеверди с поэтом Алессандро Стриджо, которая сохранила как ценнейшие подробности о творческих замыслах композитора, о его воззрениях на искусство, так и некоторые другие сведения биографического характера. Неоднократно Монтеверди вновь приглашали на службу к герцогам Гонзага. Поразительна та твердость, с какой он отклонял все попытки вернуть его в Мантую. Его ответные письма, внешне почтительные, но полные чувства достоинства, не лишены сарказма. Когда его соблазняли деньгами и землей, он позволил себе заметить, что с ним не расплатились за беспредельно утомительный труд в прошлом, а потому не стоит обещать то, что уже давно заработано! Как ни привлекала композитора музыкально-театральная среда Мантуи, едкая горечь от условий жизни и труда при дворе Гонзага осталась у него едва ли не навсегда.
С 1630 по 1639 год Монтеверди, видимо, не писал опер. Он переживал тогда трудное время. В 1627 году его младший сын, медик, попал в руки инквизиции за чтение запрещенных книг. С большим трудом Монтеверди добился его освобождения. В 1630 году в Венеции разразилась эпидемия чумы. Погиб один из сыновей Монтеверди, возможно старший, музыкант. Избавление от чумы в конце 1631 года было отмечено исполнением благодарственной мессы, которую написал Монтеверди. После чумы и в связи с другими тревожными внешними событиями Венеция как бы затихает на ряд лет и ее художественная жизнь утрачивает свою обычную интенсивность. Монтеверди принимает духовный сан. Обрывается его переписка с Мантуей.