По окончании школы и после краткого пребывания в Веймаре (в качестве скрипача и органиста при дворе герцога Иоганна Эрнста) Бах несколько лет (1703 — 1707 частично) провел в Арнштадте, где занимал место церковного органиста и руководил школьным хором. Даже из скупых сохранившихся сведений становится ясно, что внутренние интересы молодого музыканта далеко не совпадали с его служебными обязанностями. Он все охотнее сочинял музыку; с такой свободой и самостоятельностью исполнял в церкви свои вариации на хоральные мелодии, что вызывал возмущение консисторского начальства; не ладил с участниками руководимого им хора; самовольно задержался надолго в Любеке, куда отправился слушать игру Д. Букстехуде на органе и исполнение других его сочинений. В 1706 году церковный совет поставил Баху в вину, что он «вводил в хорал много странных вариаций, примешивал к нему много чуждых звуков, чем приводил в смущение общину». По существу это первое непререкаемое свидетельство ранней творческой оригинальности Баха, необычности
его музыкального мышления. С первых же лет службы Бах навлек на себя недовольство церковников и в силу своей несдержанности в обращении с учениками, и из-за того, что как-то «во время проповеди ушел в винный погребок», а в другой раз музицировал в церкви вместе со знакомой девушкой... Пока еще это могло казаться проявлениями молодого неустановившегося характера. Но и в дальнейшем Бах вел себя независимо и порою не мог удержаться от гневной вспышки — только поводы для подобного поведения стали иными, а характер именно таким и сложился.В 1707 году молодого Баха пригласили в Мюльхаузен, и после пробного выступления в местной церкви он был принят туда на место органиста. Сохранились любопытные сведения о том, как вознаграждалась тогда его работа: Баху доставляли на дом 85 гульденов, 3 меры зерна, 2 сажени дров и 6 мешков угля (и ежегодно 3 фунта рыбы). Всего год пробыл Бах в этом «вольном имперском городе»: он не нашел здесь необходимых условий для подъема церковной музыки и столкнулся с убеждением местных пиетистов в ненужности таких развитых ее форм, как мотеты и кантаты.
Этот год оказался в известном смысле переломным на пути молодого Баха. После ряда сочинений для органа и клавира он создал одну из лучших своих духовных кантат (и первую сохранившуюся из них) «Aus der Tiefe rufe ich» (№ 131[3]
) — произведение подлинно трагической силы. По предложению городского магистрата он руководил реконструкцией большого церковного органа. Так было положено начало многолетней авторитетной деятельности Баха — эксперта по строительству органов. Он, однако, не смог удовлетвориться материальным благополучием и впервые обретенной прочностью положения — при отсутствии интересных музыкально-творческих перспектив. Последнее тем более показательно для молодого музыканта, что в октябре 1707 года Бах женился (на своей двоюродной сестре Марии Барбаре) и, казалось, должен был бы искать материальной независимости.С июля 1708 по 1722 год включительно Бах находился на придворной службе и был гораздо менее связан служебными обязанностями с церковью (в Веймаре) или совсем не связан с ней (в Кётене). В веймарской капелле герцога Вильгельма Эрнста Бах стал придворным органистом и камер-музыкантом, а с 1714 года — концертмейстером. Как органист он выступал в придворной церкви, а с назначением на должность концертмейстера обязывался писать кантаты для исполнения в той же церкви. На службе у князя Леопольда Ангальт-Кётенского (с конца 1717 года) Бах не имел подобных обязательств и мог сосредоточиться на создании светских произведений. В те годы он получил и больше возможностей изучать светскую музыку современных мастеров — немецких, итальянских французских.